Nová generace sekvenování (Next generation sequencing; NGS) v molekulární diagnostice arytmogenních onemocnění

Bc. Iva Synková

Master's thesis

Next generation sequencing (NGS) for molecular diagnosis of arrhythmogenic disorders

Abstract:

Arytmogenní onemocnění tvoří velkou heterogenní skupinu poruch srdečního rytmu často způsobujících smrt i mladých lidí. Mezi tato onemocnění patří vrozené srdeční kanálopatie, které jsou způsobeny mutacemi v genech pro srdeční iontové kanály. Výměny iontů a správného vedení akčního potenciálu v srdečním svalu se účastní mnoho proteinů a je proto mnoho asociovaných genů s těmito poruchami. Molekulární diagnostika srdečních kanálopatií je důležitá pro management terapie pacientů s artmogenním onemocněním a také jejich rodin. Provádí se mutační analýzou asociovaných genů, ovšem z kapacitních důvodů jsou běžně testovány pouze nejčastěji mutované geny a i tak je jejich analýza zdlouhavá afinančně náročná. Cílem této práce bylo zavedení nového vyšetřovacího postupu využívajícího metodu nové generace sekvenování. Tato metoda představuje rychlejší a ekonomičtější alternativu vyšetření pacientů s poruchami srdečního rytmu.

Abstract:

Arrhythmogenic disorders belongs to the large heterogenic group of the cardiac rhythm disorders and they often cause death in young people. These diseases include inherited cardiac channelopathies, which are caused by mutations in genes for cardiac ion channels. Many proteins are involved in the ion exchange and the right conduction of action potential in cardiac muscle and there are many associated genes with these disorders. Molecular diagnosis of cardiac channelopathies is important for the management of the therapy of the patients with arrhythmogenic disorders and their families. It is carried out by mutation analysis of associated genes, but because of the capacity just the most frequently mutated genes are tested and even their analysis is very time consuming and financialy demanding. The purpose of this study was an establishment of the new investigative procedure using the method of next generation sequencing. This method represents faster and more economical variant for investigation of the patients with cardiac rhythm disorders.

Keywords

Nová generace sekvenování, NGS, Pyrosekvenování, Molekulární diagnostika, Arytmogenní onemocnění, Srdeční kanálopatie, Syndrom prodlouženého QT intervalu, Katecholaminergní polymorfní komorová tachykardie, Brugada syndrom, Náhlá srdeční smrt, Next Generation Sequencing, Pyrosequencing, Molecular Diagnosis, Arrhythmogenic Disorders, Cardiac Channelopathies, Long QT Syndrom, Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia, Sudden Cardiac Death

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 6. 6. 2016
• Supervisor: RNDr. Iveta Valášková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics