The Diversity of Soil Cyanobacteria of the Dominican Republic

Natálie MAREČKOVÁ

Bachelor's thesis

The diversity of soil cyanobacteria of Dominican Republic

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá diverzitou půdních sinic na území Dominikánské republiky, tedy oblastí, která je z hlediska výzkumu této skupiny mikroorganismů dosud málo probádaná. Celkem 22 vzorků sinic ze tří různých lokalit bylo analyzováno pomocí molekulárních metod, včetně sekvenování genu 16S rRNA a oblasti 16S-23S ITS rRNA, za účelem taxonomického určení do druhů či kmenů. Fylogenetická analýza rozdělila vzorky do devíti odlišných fyloskupin. Kmeny ze tří těchto fyloskupin bylo možné klasifikovat na úrovni druhů či rodů, zatímco zbývajících šest fyloskupin nebylo možné přesně zařadit, a to buď kvůli nedostatku referenčních sekvencí, nebo nedostatečně odpovídajícím morfologickým datům. Tyto skupiny pravděpodobně představují nové, dosud nepopsané druhy či rody. Výsledky ukazují nejen na výjimečný potenciál tropických půd jako rezervoáru sinicové diverzity, ale také na potřebu revize současné taxonomie, která se často spoléhá pouze na morfologické charakteristiky.

Abstract:

This bachelor's thesis investigates the diversity of soil cyanobacteria in the Dominican Republic - a region that remains poorly studied in terms of this group of microorganisms. A total of 22 cyanobacterial samples from three different locations was analysed using molecular methods, including sequencing of the 16S rRNA gene and the 16S-23S ITS rRNA gene region, in order to assign the isolated strains to specific species or genera. Phylogenetic analysis divided the samples into nine distinct phylogroups. Strains from three of these phylogroups were identified into the species or genus level, while the remaining six could not be sufficiently identified, either due to a lack of reference sequences or inadequately corresponding morphological data. These groups likely represent new, previously undescribed species or genera. The results highlight not only the exceptional potential of tropical soils as reservoirs of cyanobacterial diversity, but also the need to revise current taxonomy, which often relies solely on morphological characteristics.

Keywords

16S rRNA, 16S-23S ITS rRNA, aridní oblasti, biodiverzita, fylogenetika, Karibik, morfologie, půdní ekosystémy, sekvenování, taxonomie, tropy.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2025

Thesis defence

• Supervisor: doc. Mgr. Petr Dvořák, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Ecology and Environmental Protection / Ecology and Environmental Protection