Charakteristika Enterococcus spp. izolovaných z rostlin

Bc. Lucie Zátopková

Diplomová práce

Characterization of Enterococcus spp. isolated from plants

Anotace:

Zástupci rodu Enterococcus jsou přítomni v rozmanitém prostředí. Jsou běžnou součástí mikroflóry živočichů i člověka, ale jsou také příčinou pestré škály onemocnění včetně nozokomiálních infekcí. Většina studií se doposud zabývala právě druhy a kmeny izolovanými z klinického materiálu. Enterokoky se však vyskytují též ve vodě, půdě, na rostlinách i v potravinách a variabilita těchto kmenů je mnohem vyšší než mezi kmeny z klinického materiálu. V této práci byly taxonomicky charakterizovány populace enterokoků izolované z vegetace odebrané během září 2012 až října 2013. Po pomnožení rostlinné mikroflóry a selekci na Kanamycin Esculin Azide agaru byly suspektní kmeny rodu Enterococcus typizovány pomocí rep-PCR s (GTG)5 primerem. Kmeny, které nebyly touto metodou spolehlivě určeny, byly dále charakterizovány vybranými růstovými a biochemickými testy a identifikovány pomocí identifikačního systému Biolog. Z celkového počtu 542 odebraných rostlinných vzorků bylo izolováno 68 kmenů odpovídajících charakteristikám rodu Enterococcus. Rep-PCR typizací bylo spolehlivě identifikováno 42 enterokoků. Pomocí systému Biolog bylo určeno dalších 6 kmenů rodu Enterococcus. Identifikované izoláty reprezentovaly druhy E. faecium (9 kmenů), E. casseliflavus (8), E. plantarum (7), E. faecalis (6), E. haemoperoxidus (6), E. moraviensis (4), E. durans (2), E. raffinosus (2), E. rotai (2) a E. ureilyticus (1). Jeden kmen byl určen jen rodově jako Enterococcus sp. Kromě enterokoků byly izolovány a identifikovány i fenotypově příbuzné druhy Lactococcus lactis subsp. lactis, Lactococcus plantarum, Pediococcus pentosaceus, Vagococcus entomophilus a Vagococcus lutrae. Enterokoky byly izolovány nejčastěji z květů (29 kmenů), poté z celých rostlin (10), listů (7) a plodů (2). Nejvyšší záchyt zástupců rodu Enterococcus byl v měsících září 2012 a září 2013.

Abstract:

Representatives of the genus Enterococcus are present in various environments. They are commonly found in animal and human microflora but are also the cause of a diverse range of diseases, including nosocomial infections. The majority of studies performed so far has focused on species and strains isolated from clinical material. However, enterococci also occur in water, soil, food and on plants and the heterogeneity of these strains is much higher than among clinical isolates. In this study a population of enterococci isolated from vegetation collected during the September 2012 to October 2013 was taxonomically characterized. After multiplication of plant microflora and selection on Kanamycin Esculin Azide agar, suspected strains of genus Enterococcus were typed by rep-PCR with the (GTG)5-primer. Strains unidentified using this method were characterized by selected growth and biochemical tests and identified using Biolog identification system. Out of the total 542 collected samples of plants, 68 strains corresponding to the characteristics of the genus Enterococcus were isolated and 42 strains of them were reliably identified by rep-PCR typization. Six other enterococcal strains were determined using the Biolog system. Identified isolates represented E. faecium (9 strains), E. casseliflavus (8), E. plantarum (7), E. faecalis (6), E. haemoperoxidus (6), E. moraviensis (4), E. durans (2), E. raffinosus (2), E. rotai (2) and E. ureilyticus (1). One strains was identified only as Enterococcus sp. Besides enterococci, phenotypically related species Lactococcus lactis subsp. lactis, Lactococcus plantarum, Pediococcus pentosaceus, Vagococcus entomophilus and Vagococcus lutrae were isolated and identified. Enterococci were isolated mostly from flowers (29 strains), then from whole plants (10), leaves (7) and fruits (2). The highest incidence of members of the genus Enterococcus was in September 2012 and September 2013.

Klíčová slova

Enterococcus, taxonomie, rostliny, charakterizace, identifikace, taxonomy, plants, characterization, identification

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2014
• Vedoucí: RNDr. Pavel Švec, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie