Program pre grafické dopytovanie nad anotáciami genómov

Bc. Peter Bolha

Bakalářská práce

A graphical query system for genome annotations

Abstract:

Current research in the area of genetics branches into multiple ways of exploration which lack a common platform. Mutual integration of these areas has a potential to uncover new information, however it needs to employ effective ways of querying data accessible to scientists without advanced knowledge of database systems. The theoretical part of this thesis defines the key set of information suitable for integration, provides a new data scheme to allow it and picks tools for building the new unified database with a more intuitive way of querying. The following practical part introduces a system for automated collection and processing of the defined data and building of the new interconnected database. The output of the thesis is a program which allows a user with basic knowledge of information technologies to build a database integrating various fields of genomic research and to query this database via graphical queries or predefined parametrized templates.

Abstract:

Súčasný výskum v oblasti genetiky nasleduje mnohé vetvy bádania, ktoré však postrádajú spoločnú platformu. Vzájomné prepojenie týchto oblastí má potenciál odhaliť nové vedomosti, musí však zachovávať efektívne vyhľadávanie prístupné pre vedcov bez pokročilých znalostí databázovych systémov. Teoretická časť práce defininuje kľúčovú množinu poznatkov vhodných na prepojenie, vytvára novú dátovú schému pre ich vzájomnú integráciu a vyberá nástroje na realizáciu zjednotenej databázy s intuitívnejším dopytvacím systémom. Nadväzujúca praktická časť predstavuje spôsob automatizovaného zberu a spracovania definovaných dát a vybudovania novej, ucelenej databázy. Výstupom práce je progam, ktorý umožňuje používateľovi so základnými informatickými znalosťami vybudovať databázu prepojených vedomostí z poľa genomického výskumu a vytvárať dopyty grafickou formou, či pomocou preddefinovaných parametrizovaných šablón.

Klíčová slova

genetika, genomika, heterogénna informačná sieť, grafová databáza, relačná databáza, biomedicínske dáta, Neo4j

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 6. 2021
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Vít Nováček, PhD

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika