Zpět na vyhledávání

Bc. Ivan Vanát

Master's thesis

Development, modularization and tuning of a program for repetitive sequence detection in plant genomes

Development, modularization and tuning of a program for repetitive sequence detection in plant genomes
Anotácia:
TE-greedy-nester je nástroj schopný identifikovať LTR retrotranspozóny, využívajúc de-novo prístup a hladný algoritmus. V porovnaní s konkurenciou vie identifikovať aj fragmentované elementy. V tejto práci, predstavujeme vylepšenú verziu nástroja, ktorá dokáže identifikovať viacero typov repetetívnych sekvencií. Nástroj je teraz možné jednoducho rozšíriť o nové moduly. Program disponuje štyrma predimplementovanými …viac
Abstract:
TE-greedy-nester is a tool that is capable of identification of long terminal retrotransposons utilizing de-novo identification and a greedy algorithm. Compared to most of its competitors, it can also detect fragmented elements. In this work, we present an improved version of the tool that can now identify several types of repetitive sequences. It has undergone a complete redesign and can now be easily …viac
 

Keywords

TE-greedy-nester LTR retrotransposons nesting repetitive elements detection mite tandem repeat
 
Jazyk práce: English
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 12. 2022
Identifikátor: https://is.muni.cz/th/hoy1k/

Obhajoba závěrečné práce

  • Obhajoba proběhla 26. 1. 2023
  • Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
  • Oponent: Mgr. Monika Čechová, Ph.D.

Citační záznam

Citovat tuto práci

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:
  • světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Odkaz na adresář do lokálního úložiště instituce

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Software systems and services management / Services development management

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.