Vizualizace proteinů

Michal Chromec

Master's thesis

Protein Visualization

Anotácia:

Tato práce se zabývá implementaci aplikace k vizualizaci molekul proteinu. V práci jsou popsané základní informace o proteinech a grafické reprezentace molekul. Dále je popsaný PDB soubor, ve kterém jsou uloženy informace o molekule proteinu, hlavně 3D souřadnice jednotlivých atomů. Krátce jsou představeny některé aplikace používané k vizualizaci molekul proteinů. V další části práce je popsaná implementace vlastní aplikace k vizualizaci - detailněji jsou popsané techniky vykreslování jednotlivých reprezentací molekul s pomocí OpenGL a GLSL. V další části popisuji jednoduchý simulátor molekul i s jeho implementací. Poslední část popisuje měření výkonu vytvořené aplikace.

Abstract:

This thesis deals with the implementation of the application for the visualization of proteins. There are described the basic information about proteins and graphical representations of molecules. It is described PDB file, which store information about the protein molecule, mainly the 3D coordinates of individual atoms. Briefly present some application used to visualize protein molecules. The next part describe the implementation of own application for visualization - are described in more detail rendering technique individual representation of molecules using OpenGL and GLSL. The next section describes a simple simulator molecules and its implementation. The last section describes the measurement of the performance of the created application.

Kľúčové slová

Vizualizace proteinů, OpenGL, simulátor molekul

Keywords

Protein visualization, OpenGL, molecule simulation

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2014
• Vedúci: Petr Gajdoš
• Oponent: Jan Platoš

VŠB - Technical University of Ostrava

Fakulta elektrotechniky a informatiky

Master programme / odbor:
Informační a komunikační technologie / Informatika a výpočetní technika