Použitelnost výpočetních metod kvantové chemie pro studium interakcí v biologických systémech

Bc. Lydie PLAČKOVÁ

Master's thesis

Abstract:

Teoretická část diplomové práce popisuje ab initio metody v kvantové chemii a semiempirické metody, kterými lze překonat hlavní nevýhody týkající se ab initio metod (náklady, rychlost). Experimentální část byla zaměřena na srovnání výsledků vysoce přesné CCSD(T) metody se současně požívanými semiempirickými metodami (AM1, PM3, PM6 a PM7). Data byla porovnávána převážně na malých modelových systémy s ionty, které tvoří podstatnou část mnoha biologických systémů. Kromě toho byla studována použitelnost semiempirických metod pro popis intra- a intermolekulárních vodíkových vazeb a van der Waalsových interakcí.

Abstract:

The theoretical part of the Master´s thesis describes ab initio methods in quantum chemistry and semiempirical methods, which represents a way in overcoming of main disadvantages in ab initio methods (costs, speed). The experimental part was focused on comparison highly accurate CCSD(T) method with used semiempirical methods (AM1, PM3, PM6, and PM7). The data were mostly compared on small model systems with ions, which are an essential part of many biological systems. Furthermore, the applicability of semiempirical methods was examined for the description of intra- and intermolecular hydrogen bonds and van der Waals interactions.

Keywords

Semiempirické metody, ab initio metody, biologické systémy, nekovalentní interakce, ionty.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 12. 2016

Thesis defence

• Supervisor: doc. Mgr. Martin Kabeláč, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Science

Master programme / field:
Biophysics / Biophysics