Molekulárně biologická charakteristika zástupců rodu Badnavirus, čeleď Caulimoviridae

Michaela NĚMCOVÁ

Bakalářská práce

Molecular and biological characterisation of badnaviruses (genus Badnavirus), family Caulimoviridae.

Anotace:

Bakalářská práce charakterizuje zástupce rostlinných virů rodu Badnavirus, čeledi Caulimoviridae se zaměřením na jejich molekulární a biologické vlastnosti, a dále další zástupce rostlinných virů infikující bez černý (Sambucus nigra L.). Teoretická část nejprve shrnuje obecné poznatky o čeledi Caulimoviridae a následně se věnuje detailnější charakteristice rodu Badnavirus. Zaměřuje se na interakci badnavirů s hostitelskou rostlinou, je popsán okruh hostitelů, symptomy virové infekce a způsoby přenosu viru, a dále organizace genomu s důrazem na variabilitu čtecích rámců a porovnání jednotlivých druhů. Popisuje metody detekce založené na jejich molekulárních a serologických vlastnostech. V textu jsou charakterizovány i ssRNA viry infikující bez černý z čeledí Betaflexiviridae, Secoviridae a Tombusviridae. Praktická část je zaměřena na detekci nově zjištěného, doposud nepopsaného viru z rodu Badnavirus v souboru 96 vzorků planých a kulturních bezů černých původem z různých oblastí České republiky. Je porovnána genetická variabilita detekovaných izolátů, je provedena fylogenetická analýza a srovnání s dalšími zástupci rodu.

Abstract:

This thesis focuses on plant viruses (genus Badnavirus, family Caulimoviridae), concentrating on molecular and biological characteristics of these viruses and the occurrence of one novel badnavirus in the Czech Republic. It further describes plant viruses infecting elderberry (Sambucus nigra L.) The theoretical part summarizes information about the family Caulimoviridae and further describes the genus Badnavirus and its members in detail. It is focused on host range, symptoms of infection, transmission, genome organization of these viruses with emphasis on its variability among the genus and detection methods. The text also characterizes ssRNA viruses of families Betaflexiviridae, Secoviridae and Tombusviridae infecting elderberry (Sambucus nigra L.). The experimental part is focused on the detection of a novel badnavirus in a set of 96 samples of wild and cultivated elderberry plants originating from various regions of the Czech Republic. The genetic variability of detected isolates is compared, phylogenetic analysis and comparison with other members of the genus are performed.

Klíčová slova

dsDNA virus, bez černý, detekce, PCR, Sanger sekvenování, fylogenetická analýza

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 6. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie