Faktory virulence u \kur{Arcobacter} spp. a možná eliminace tvorby biofilmů

Bc. Barbora Vacková

Master's thesis

Virulence factors of \kur{Arcobacter} spp. and potential elimination of biofilm formation

Abstract:

Teorerická část předkládané diplomové práce je souhrnem informací o rodu Arcobacter, jeho charakteristikou, výskytem a detekcí. Dále jsou obsaženy kapitoly, které se zabývají virulenčními faktory bakterií (včetně arkobakterů) a detekcí virulentně asociovaných genů. Uvedeny jsou kapitoly věnované tvorbě bakteriálního biofilmu, detekci biofilmu a především pak možným způsobům jeho eliminace. V části experimentální je popsána metoda detekce virulentně asociovaných genů a metoda detekce tvorby biofilmu v přítomnosti přírodních látek. Tyto metody byly aplikovány na vybrané referenční a sbírkové kmeny rodu Arcobacter. Geny kódující virulenční faktory arkobakterů byly detekovány pomocí optimalizované metody multiplexní polymerázové řetězové reakce. Tvorba biofilmu těchto bakterií v přítomnosti přírodních extraktů byla detekována pomocí Christensenovy metody v mikrotitračních destičkách. Na základě získaných výsledků lze říci, že výskyt jednotlivých virulenčních faktorů v genomu testovaných kmenů je variabilní. Dále lze říci, že u všech testovaných kmenů došlo v přítomnosti přírodních extraktů k eliminaci vytvořeného biofilmu.

Abstract:

The theoretic part of this thesis is a summary of information about the genus Arcobacter, its characteristics, occurrence and detection. There are the chapters about virulence factors of bacteria (including the genus Arcobacter) and about detection of virulence-associated genes. Then there are chapters about bacterial biofilm formation, about methods for its detection and primary about methods for its elimination. The experimental part describes the method of detection virulence-associated genes and the method for detection of biofilm in the presence of natural substances. These methods were applied to selected reference and collection strains of the genus Arcobacter. Genes that encode virulence factors of Arcobacter spp. were detected using an optimized multiplex polymerase chain reaction. The biofilm of these bacteria in the presence of natural extracts was determinated using the Christensen s method in the polyethylene microtitrate plates. According to acquired results the occurrence of individual virulence factors in the genome of the tested strains is variable. In addition, biofilm was eliminated in the presence of natural extracts in all tested strains.

Keywords

Arcobacter, faktory virulence, mPCR, biofilm, eliminace biofilmu, přírodní extrakty

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 5. 2017

Thesis defence

• Date of defence: 5. 6. 2017
• Supervisor: Ing. David Šilha, Ph.D.

University of Pardubice

Faculty of Chemical Technology

Master programme / field:
Special Chemical and Biological Programmes / Analysis of Biological Materials