Diverzita laktobacilů v trávicím traktu divokých prasat

Bc. Julius Šimurka

Diplomová práce

Diversity of lactobacilli in the digestive tract of wild pigs

Anotace:

Cílem práce bylo klasifikovat populace laktobacilů osídlujících kaudální části trávicího traktu (tenké střevo, kolon) divokých prasat na základě molekulárně-genetických metod a porovnání s populací laktobacilů u domestikovaných prasat na základě literárně dostupných dat. Literární část shrnuje problematiku historického vývoje prasete divokého do podoby dnešního domestikovaného prasete a rozdíly mezi těmito příbuznými druhy. Zabývá se rodem Lactobacillus a jeho významem u domestikovaných prasat a problematikou izolace, identifikace a charakterizace laktobacilů.V experimentální části bylo analyzováno pomocí denaturační gradientové gelové elektroforézy 29 izolátů z trávicího traktu (tenké střevo, kolon) divokých prasat se zaměřením na druhovou identifikaci laktobacilů. Výsledky odhalily, že největší zastoupení v kaudálních částech trávicího traktu vykázal druh L. mucosae (19 z 29 testovaných izolátů), následovaný druhem L. amylovorus (8 izolátů). Dva izoláty byly na základě 16S rRNA genové identity klasifikovány jako L. reuteri a L. rodentium.Metodou DGGE bylo úspěšně klasifikováno na druhovou úroveň pouze 20 izolátu z 29. U zbylých izolátů musela být použita jiná molekulárně – genetická metoda, konkrétně sekvenace 16S rRNA genu, k úspěšnému druhovému klasifikování zbylých izolátů. Následkem toho byla metoda DGGE shledána vhodná pro roztřídění většího počtu izolátů téhož rodu do určitých skupin, ale samostatně nevhodná pro přesnou druhovou klasifikaci. Ke zjištění skutečného složení populace laktobacilů v trávicím traktu divokých prasat bylo v této práci klasifikováno málo izolátů, ale výsledky této práce do jisté míry korespondují s porovnatelnými studiemi na dané téma.

Abstract:

The aim of this study was to classify populations of lactobacilli inhabiting caudal parts of the digestive tract (small intestine, columns) of feral pigs on the basis of molecular genetic methods and comparison with lactobacilli in domesticated pigs on the basis of literally available data. The literary part summarizes the historical development of the wild pig into the form of today's domesticated pig and the differences between these related species. It deals with the genus Lactobacillus and its significance in domesticated pigs and the problems of isolation, identification, and characterization of lactobacilli.The experimental part was analyzed by use of denaturing gradient gel electrophoresis 29 isolates of the digestive tract (small intestine, columns) of feral pigs with a focus on species identification of lactobacilli. The results revealed that L. mucosae (19 of the 29 isolates tested) showed the largest proportion of caudal parts of the digestive tract, followed by L. amylovorus (8 isolates). Two isolates were classified as L. reuteri and L. rodents on the basis of 16S rRNA gene identity.The DGGE method was successfully categorized as only 20 isolates from 9. For the remaining isolates, another molecular - genetic method sequencing, had to be used to successfully classify the remaining isolates. As a consequence, the DGGE method was found to be suitable for classifying mixed isolates of the same genus into certain groups but separately inappropriate for precise species classification. To determine the actual composition of the lactobacilli population in the feral pig's digestive tract, few isolates were classified in this work, but the results of this work to some extent correspond to comparable studies on the subject.

Klíčová slova

lactobacillus, trávicí trakt, prase, domestikace

Keywords

lactobacillus, digestive tract, pig, domestication

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Jiří Killer, Ph.D.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Magisterský studijní program / obor:
Výživa a potraviny / Výživa a potraviny