Zpět na vyhledávání

Bc. Lukáš Pravda

Master's thesis

Computational Methods for Detecting Ligand Accessible Pathways

Computational Methods for Detecting Ligand Accessible Pathways
Abstract:
Cílem této práce bylo najít a analyzovat software pro práci s prázdnými místy v proteinech. V rámci těchto prázdných míst jsem se zaměřil na tunely. V průběhu studia literatury jsem našel 4 různé nástroje s tímto zaměřením (Mole1.4, Mole2.0, Caver, MolAxis). Následně jsem vytvořil testovací sadu pro porovnání těchto nástrojů a provedl důkladnou srovnávací studii. Na základě výsledků této studie jsem …more
Abstract:
The aim of this thesis was to find and analyze software capable of calculating protein empty voids with an emphasis on tunnel detection. During the publication study, I found 4 different tools with such capabilities (Mole1.4, Mole2.0, Caver, MolAxis). Subsequently, I created a test set for evaluating and comparing these tools and made a thorough benchmark study. Based on these results I have chosen …more
 

Keywords

protein channel void tunnel pocket pore Mole1.4 Mole2.0 Caver MolAxis Voronoi diagrams Delaunay tetrahedrization convex hull
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 5. 2012
Identifier: https://is.muni.cz/th/v64i4/

Thesis defence

  • Date of defence: 29. 6. 2012
  • Supervisor: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
  • Reader: RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.