Analýza interakce apoptotických proteinů AIF a endonukleázy G s jadernými proteiny během degradace chromatinu

Bc. Pavel Eleder

Master's thesis

Analysis of interaction of apoptotic proteins AIF and endonuclease G with nuclear proteins during chromatin degradation

Abstract:

Apoptóza je proces programované buněčné smrti, který je nezbytný pro život všech mnohobuněčných organizmů. Dráha, v níž klíčovou roli hrají kaspázy, je dobře prostudovaná, avšak výzkum na kaspázách nezávislé dráhy je teprve v počátcích. Práce se zabývá zejména dvěma proteiny této dráhy, apoptózu indukujícím faktorem (AIF) a endonukleázou G (EndoG), které se podílejí na kondenzaci a degradaci chromatinu během apoptózy. Experimentální část této práce představuje analýzu interakcí proteinů AIF a EndoG s dalšími proteiny jako jsou topoizomeráza IIα (TOPO2a), histon H2B, protein teplotního šoku Hsp70 a cyklofilin A. Byly studovány buněčné linie HeLa a SK-N-SH pomocí fluorescenčního rezonančního přenosu energie v kombinaci s konfokální mikroskopií. Na základě výsledků těchto experimentů byla formulována hypotéza o komplexu proteinů AIF, EndoG a TOPO2a, který se podílí na kondenzaci a degradaci chromatinu při apoptóze nezávislé na kaspázách.

Abstract:

Apoptosis is process of programmed cell death necessary for all multicellular organisms. The pathway in which caspases play the key role is well known but the research of caspase-independent pathway is at the start. There are two proteins of this pathway studied in the thesis, apoptosis-inducing factor (AIF) and endonuclease G (EndoG) involved in condensation and degradation of chromatin during apoptosis. Experimental part of this work presents analysis of interactions of AIF and EndoG with other proteins such as topoisomerase IIα (TOPO2a), histone H2B, heat shock protein Hsp70 and cyclophilin A. We used fluorescence resonance energy transfer combined with confocal microscopy to study HeLa and SK-N-SH cell lines. On the basis of our results we suggest a hypothesis that AIF, EndoG and TOPO2a are part of one complex responsible for chromatin condensation and degradation during caspase-independent apoptosis.

Keywords

apoptóza, AIF, endonukleáza G, degradace chromatinu, topoizomeráza IIα, histon H2B, proteinové interakce, degradozom, apoptosis, endonuclease G, chromatin degradation, topoisomerase IIα, histone H2B, protein interactions, degradosome

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 1. 2012

Thesis defence

• Date of defence: 8. 2. 2012
• Supervisor: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics