Izolace celkové RNA pro PCR-detekci rostlinných virů

Barbora JÍLKOVÁ

Bakalářská práce

Isolation of total RNA for PCR-based detection of plant viruses

Anotace:

V teoretické části mé bakalářské práce jsem se zaměřila na izolaci celkové RNA z rostlin pro PCR detekci rostlinných virů. Zabývala jsem se významem i historií PCR pro detekci rostlinných virů, jednotlivými metodami izolace RNA, komplikacemi provázejícími tyto metody i modifikacemi, které tyto komplikace řeší. Experimentální část byla zaměřena na optimalizaci izolace celkové RNA z rostlin pomocí komerčních izolačních kitů. Jednotlivé izolační kity byly porovnány ve výtěžku izolace RNA a bylo zjištěno, u kterých kitů dochází při izolaci k preferenci rRNA. Nejvyšší výtěžek izolace RNA prokázaly soupravy Plant/Fungi Total RNA Purification kit od firmy Norgen Biotek corp., GeneAll Ribospin Plant (při použití pufru REL) od firmy GeneAll Biotechnology a NucleoSpin RNA plant (při použití pufru RA1) od firmy Macherey-Nagel. Nejvyšší preference izolace rRNA k celkové izolované RNA byla zjištěna u vzorku izolovaného kitem GeneAll Ribospin Seed/Fruit od firmy GeneAll Biotechnology.

Abstract:

In the theoretical part of this bachelor thesis I focused on isolation of total RNA from plants for PCR-based detection of plant viruses. I described the importance and history of PCR for detection of plant viruses, isolation methods, complications which might arise with RNA isolation and a few modifications which were developed to deal with these complications. Experimental part was focused on optimalizing the total RNA isolation from plants using comercial isolation kits. These comercial kits were compared in amount of RNA isolated and how much they enriched isolation of rRNA in comparsion with the total RNA. The results showed that isolation kits Plant/Fungi Total RNA Purification Kit (Norgen Biotek corp.), GeneAll Ribospin Plant (GeneAll Biotechnology) and NucleoSpin RNA plant (Macherey-Nagel) had the highest amount of RNA isolated. The RNA isolated with kit GeneAll Ribospin Seed/Fruit had the highest ratio of 18S rRNA in the total RNA.

Klíčová slova

rostlinný virus, qRT-PCR, izolace RNA, detekce viru

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie