Direct PCR, využití v rychlé prenatální diagnostice genetických abnormalit plodu

Bc. et Bc. Kristína Kovačovicová

Master's thesis

The Direct PCR approach in rapid prenatal diagnosis of fetal genetic abnormalities

Abstract:

Většina chromozomálních abnormalit plodů (až 98 %) připadá na aneuploidie. Se životem jsou slučitelné trizomie chromozomů 13, 18, 21 a aneuploidie pohlavních chromozomů. Direct PCR představuje variantu PCR, kdy není DNA izolována ze vzorku, ale do reakce jsou použity celé buňky. Fast PCR představuje modifikaci, kdy jsou zkráceny jednotlivé fáze amplifikačních cyklů, což v konečném důsledku umožní i celkové zkrácení doby trvání analýzy. Kvantitativní fluorescenční PCR umožňuje v prenatální diagnostice detekci aneuploidií amplifikací vysoce polymorfních lokusů obsahujících krátké tandemové repetice pomocí fluorescenčně značených primerů. Cílem diplomové práce bylo sestavení sad, které umožní diagnostiku nejčastějších aneuploidií za méně než tři hodiny a zkrátí tak dobu zvýšené psychické zátěže budoucích rodičů. Tohoto bylo dosaženo kombinací tří přístupů: direct PCR, fast PCR a QF-PCR.

Abstract:

Most of chromosomal abnormalities (up to 98 %) are caused by aneuploidies. The trisomies of chromosomes 13, 18, 21 and gonosomal aneuploidies are compatible with life. Direct PCR is a modified PCR, in which DNA is not isolated from the samples, but whole cells are used into the reaction. In a fast PCR approach, the individual steps of each amplification cycle are shortened, which enables to reduce total time required for analysis. The quantitative fluorescent PCR (QF-PCR) has been used in prenatal diagnosis to detect aneuploidies by amplification of highly polymorphic loci containing short tandem repeats using fluorescence-labeled primers. The aim of this diploma thesis was to create the kits for diagnosis of the most common aneuploidies in less than three hours, thus reducing the parents’ stress. This was achieved by combination of three approaches: direct PCR, fast PCR and QF-PCR.

Keywords

aneuploidie, kvantitativní fluorescenční PCR, direct PCR, fast PCR, krátké tandemové repetice, invazivní prenatální diagnostika, neinvazivní prenatální diagnostika, volná fetální DNA, aneuploidies, quantitative fluorescent PCR, short tandem repeats, invasive prenatal diagnosis, non-invasive prenatal diagnosis, cell free fetal DNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2012

Thesis defence

• Date of defence: 14. 6. 2012
• Supervisor: RNDr. Iveta Valášková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics