Vliv iontů na vazbu vybraných proteinů k DNA

Bc. Jana Surmová

Diplomová práce

Effect of ions on the DNA binding properties of selected proteins

Abstract:

There are monovalent and divalent cations naturally localised inside of the cells, which could influence interaction between protein and DNA. In this thesis, we were studying the impact of ions to binding properties of protein IFI16 and his domains. We found out that impact of ions was different when we were studying interactions with linear DNA in comparison to the interactions with superhelical DNA, using EMSA and FA. We also found out difference in effect of monovalent cations and divalent cations. Our findings together with another research could be helpful in better understanding of IFI16 functions, which is a key DNA sensor capable of discriminating between own and foreign DNA inside of the cell.

Abstract:

Uvnitř buňky se přirozeně vyskytují jednomocné a dvoumocné kationty, které mohou ovlivňovat interakce mezi proteinem a DNA. V této práci jsme zkoumali vliv iontů na vazebné vlastnosti proteinu IFI16 a jeho domén. Pomocí gelové retardační analýzy a fluorescenční anizotropie jsme zjistili, že vliv zkoumaných kationtů se lišil při vazbě proteinu na lineární a na superhelikální DNA. Také jsme pozorovali rozdílný vliv jednomocných a dvoumocných iontů. Získané výsledky by spolu s dalším výzkumem mohly pomoci lépe pochopit funkce proteinu IFI16, DNA senzoru, schopného rozlišovat cizorodou DNA uvnitř buňky.

Klíčová slova

Protein IFI16, HIN A doména, HIN B doména, vazba DNA-protein, EMSA, jednomocné kationty, dvojmocné kationty, DNA-protein interaction, monovalent cations, divalent cations

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 6. 2017
• Vedoucí: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Analytická biochemie