Insertion of CRISPR/Cas system to carrot to enable genome editing

Bc. Pavel Chaloupský

Master's thesis

Vložení systému CRISPR do mrkve za účelem editování genomu

Abstract:

Hlavím cílem předložené diplomové práce bylo vyvinout transgenní buněčné linie a rostliny mrkve se stabilně exprimovanými Cas9 a Cpf1 geny. Za účelem dosažení stanoveného cíle byla provedena transformace Escherichia coli a Agrobacterium tumefaciens za použití vektorů konstruovaných s odlišně optimalizovanými CRISPR efektory. Byla provedena transformace buněčných liní mrkve a následná molekulární charakterizace transgenoze. Prostřednictvím PCR bylo vybráno 346 transformovaných linií. U vybraných linií byla indukována somatická embryogeneze. U 15 vybraných vzorků byla také provedena analýza relativní exprese Cas9 a Cpf1 genů.

Abstract:

Main goal of this study was to develop carrot plants and callus lines with stable expression of Cas9 and Cpf1 genes. To achieve the thesis objective, transformation of Escherichia coli and Agrobacterium tumefaciens strains with different codon-optimized CRISPR constructs was carried out. Agrobacterium-mediated carrot callus transformation with CRISPR constructs, induction of somatic embryogenesis, and molecular confirmation of transgenic events in carrot were also part of the experiment executed within this thesis. By use of PCR-based genotyping, transgene was confirmed in 346 calli. Relative expression of Cas9 and Cpf1 in 15 selected lines was measured.

Keywords

Daucus carota, Agrobacterium, somatická embrzogeneze, Cas9, Cpf1

Keywords

Cpf1, Agrobacterium, Daucus carota, somatic embryogenesis, Cas9

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2018

Thesis defence

• Supervisor: prof. Dr hab. Rafał Barański

Mendel University in Brno

Faculty of Horticulture

Master programme / field:
Horticultural Engineering / International Master of Horticulture Science