Evoluce terminačních kodonů v mitochondriích superskupiny Opisthokonta

Jana SALAMONOVÁ

Master's thesis

Evolution of termination codons in mitochondria of the supergroup Opisthokonta

Abstract:

The genetic code refers to the set of rules that determines the translation of a protein-coding sequence. Although once considered to be a "frozen accident", with the constantly increasing amount of sequence data it has become clear that the statement is far from the truth. However, a comprehensive insight into the basic molecular mechanisms underlying the genetic code variants is still lacking. This thesis contributes to the understanding of the evolutionary connection between the mitochondrial genetic codes and respective release factors of the supergroup Opisthokonta. Employing bioinformatics approaches, I could identify so far unreported codon reassignments and point to unique mutations in the mitochondrial release factors that possibly enable the changes in the use of termination codons.

Abstract:

Genetický kód představuje soubor pravidel, podle kterých dochází k překladu protein-kódující sekvence. Ačkoli se kdysi považoval za "zamrzlou náhodu", s neustále se zvyšujícím množstvím sekvenčních dat se ukázalo, že toto tvrzení je daleko od pravdy. Stále však chybí komplexní vhled do základních molekulárních mechanismů, které varianty genetického kódu podmiňují. Tato diplomová práce přispívá k pochopení koevoluce mitochondriálních genetických kódů a příslušných translačních terminačních faktorů superskupiny Opisthokonta. S využitím bioinformatických nástrojů jsem identifikovala dosud nepopsané změny ve významu kodonů a poukázala na jedinečné mutace v mitochondriálních terminačních faktorech, které pravděpodobně umožňují změnu ve využívání stop kodonů.

Keywords

genetický kód, evoluce, mitochondrie, Opisthokonta, terminační faktor, bioinformatika

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2021

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: prof. Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Chemistry / Experimentální biologie