Data storage for electrophysiological experiments

Bc. Jan ŠEDIVÝ

Diplomová práce

Abstract:

Tato práce popisuje současné řešení ukládání elektrofyziologických experimentů neuroinformatické laboratoře na Západočeské univerzitě. Jsou zkoumány dostupné datové standardy vhodné k ukládání podobných experimentů. Každý z těchto standardů je ohodnocen na základě splňování tzv. FAIR principů pro ukládání otevřených vědeckých dat. Z tohoto ohodnocení a posouzení náročnosti případné konverze stávajících dat je vybrán nejvhodnější standard. Následně je implementován nástroj na konverzi stávajících dat do vybraného standardu. V návaznosti ke zvolenému standardu je vybráno a zprovozněno i vhodné datové úložiště, do kterého budou nová data uložena. Na výsledném řešení je provedeno vyhodnocení splnění jednotlivých FAIR principů.

Abstract:

This master's thesis describes the current solution of storing the neuroinformatics laboratory experiments of the University of West Bohemia. An analysis of available data standards for storing neurophysiological experiments is done where each data standard is evaluated on the following of the FAIR principles of storing open science data. The most appropriate standard is selected based on the FAIR principles assessment and the complexity of potential conversion. A conversion tool is implemented to convert the current experiments to the new data standard. Based on the selected data standard, a suitable repository is chosen to store the converted experiment datasets and replace the current solution. A FAIR principles assessment is done on the resulted dataset uploaded in the repository.

Keywords

datové úložiště, EEG experimenty, datové standardy, FAIR principy, otevřená data, datová konverze, Python, NIX, odML

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2020

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Roman Mouček, Ph.D.

ZÁPADOČESKÁ UNIVERZITA V PLZNI

Fakulta aplikovaných věd

Magisterský studijní program / obor:
Inženýrská informatika / Medicínská informatika