Polymorfismus genů pro faktory přirozené imunity u modelové populace skotu

Bc. Ing. Terezie Valčíková

Diplomová práce

Gene polymorphism of innate immunity factors in cattle model population

Anotace:

Přirozená (vrozená) imunita využívá receptory, které se podílejí na rozpoznávání bakteriálních, virových, houbových a parazitárních struktur. Na rozdíl od získané imunity tyto geny netvoří varianty v průběhu vývoje jedince, přesto jejich variability v populaci umožňuje adaptaci na změny v infekčním prostředí. Jednou z hlavních součástí vrozené imunity jsou receptory Toll-like které na povrchu lymfocytů a dendritických buněk hrají klíčovou roli při rozpoznávání antigenních látek. Toll-like receptory rozpoznávají nežádoucí struktury a dle své specifity jsou děleny primárně na antivirové a antibakteriální. V rámci diplomové práce se budu zabývat geny pro receptory TLR1 a TLR4 a pro adaptér MYD88. Je to adaptér, který přímo interaguje s vnitrobuněčnou částí TLR4 a zajišťuje přenos signálu dále do buňky.DNA byla izolována z krve 150 býků a 500 krav pomocí magnetické separační metody. Zvolené geny jsou amplifikovány pomocí PCR v populaci býků a produkty jsou následně sekvenovány vysokokapacitní metodou (NGS, Next Generation Sequencing). Po vyhodnocení polymorfismu v populaci budou pro jednotlivé strukturní varianty navrženy genotypovací reakce. S jejich pomocí budou předpokládané mutace validovány a budou určeny genotypy v populaci krav. Variabilita v imunitních genech bude porovnána s variabilitou v genetických zdrojích ČESTR a s dostupnými údaji pro světové populace.Změny s možnými funkčními dopady v bílkovinném produktu budou zhodnoceny pomocí vhodných programů.

Abstract:

Innate (in-born) immunity uses receptors contributing to recognition of bacterial, viral, fungi and parasitic structures. Unlike adaptive immunity those genes do not vary during growth and development of an individual, nevertheless their variability in population allows adaptation to infectious environment. Toll-like receptors are one of the main part of innate immunity, playing key role in antigens recognition on lymphocyte and dendritic cells surface. Toll-like receptors recognize harmful structures, being split primarily to antiviral and antibacterial.Scope of this diploma thesis are TLR1 and TLR4 receptors and MYD88 adapter. The MYD88 adapter integrate within TLR4 inner body and ensures signal transfer deeper into a cell.DNA was isolated from blood of 150 bulls and 500 cows by means of magnetic separation method. Chosen genes were amplified via PCR in population of bulls and products sequenced by Next Generation Sequencing (NGS) afterwards. Following polymorphism analysis in the population, genotype reactions will be formulated for individual structure variants. Those reactions will be used to validate expected mutations and genotypes in the population of cows will be defined. Variability of immune genes will be compared to variability in ČESTR genetics sources as well as to available date of worldwide populations.Modifications with functional impacts in protein products will be evaluated by means of applicable programs.

Klíčová slova

Toll-Like receptory, Přirozená imunita, český strakatý skot, NGS, geny imunity

Keywords

Toll-Like Receptors, Innate Immunity, Fleckvieh Breed, NGS, Immuity Genes

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Luboš Vostrý, Ph.D.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Magisterský studijní program / obor:
Genové technologie a šlechtění / Šlechtění zvířat