Analýza interakcí podjednotek SMC5-6 komplexu s DNA

Mgr. Matej Fabišik

Bachelor's thesis

Analysis of subunit interactions SMC5-6 complex with DNA

Abstract:

SMC5-6 complex belongs with cohesin and condensin to a family of SMC (Structure Maintenance of Chromosome) complexes whose role is to regulate a structure and dynamics of chromatin and participate in the reparation of the damaged DNA. We have managed to purify wild type and mutant protein dimer NSE1-NSE3 in this thesis. The EMSA method was used to prove that NSE1-NSE3 binds DNA. This bind is affected by the length of DNA. The dimer NSE1-NSE3 can bind DNA also at higher ionic conditions. The DNA binding to both proteins of dimer NSE1-NSE3 was confirmed by an analysis of his mutants. The discovery has brought greater understanding of the DNA-binding ability of protein dimer NSE1-NSE3 belonging to SMC5-6 complex.

Abstract:

SMC5-6 komplex patří spolu s kohezinem a kondenzinem do rodiny SMC (Structure Maintenance of Chromosome) komplexů, které mají za úkol regulovat strukturu a dynamiku chromatinu a podílet se na opravě poškozené DNA. V této práci se podařilo purifikovat přírodní i mutovaný proteinový dimer NSE1-NSE3. Metodou EMSA se podařilo prokázat, že protein NSE1-NSE3 váže DNA. Tato vazba je ovlivněná délkou DNA. Dimer NSE1-NSE3 je schopný vázat DNA i při vyšších iontových podmínkách. Analýzou mutovaných proteinových komplexů NSE1-NSE3 se potvrdila vazba DNA na oba proteiny dimeru NSE1-NSE3. Toto zjištění přineslo nové poznatky o DNA-vazebné schopnosti proteinových dimerů NSE1-NSE3 patřících do SMC5-6 komplexu.

Kľúčové slová

SMC, SMC5, SMC6, SMC5-6 complex, NSE1, NSE3, DNA, NSE1-NSE3

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 6. 2012
• Vedúci: doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry