Little cherry virus 1 (Closterovidiridae), jeho charakteristika a význam v kulturním a planém patosystému meruněk.

Kateřina NEUMANOVÁ

Bachelor's thesis

Little cherry virus 1 (Closteroviridae), its characterisation and importance in cultural and wild apricot pathosystem.

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou Little cherry virus 1 (LChV-1) a jeho významem v kulturním a planém patosytému meruňky obecné (Prunus armeniaca L.). V teoretické části je uvedena charakteristika a význam meruňky obecné, základní informace o čeledi Closteroviridae a jejích rodech. Dále je uvedena charakteristika Little cherry virus 1 a chorob, se kterými je jeho výskyt asociován. V rámci charakteristiky LChV-1 je popsána jeho biologie, okruh hostitelů, geografický výskyt, způsob přenosu na hostitele, detekční metody, organizace genomu a genetická variabilita. LChV-1 se původně vyskytoval pouze u třešně obecné (Prunus avium (L.) L.) a višně obecné (Prunus cerasus L.), následně byl zaznamenán jeho výskyt v latentní podobě na dalších zástupcích rodu Prunus. Zástupci rodu Prunus patří mezi významné a oblíbené kulturní peckoviny, proto je velmi důležité rozšiřovat okruh znalostí ohledně LChV-1. Experimentální část je tedy zaměřena na studium výskytu Little cherry virus 1 v souboru 40 vzorků meruňky obecné (Prunus armeniaca L.) ze 4 různých lokalit z jižní Moravy za použití dvojí kombinace primerů. Virus byl detekován s frekvencí četnosti výskytu 37,5 % na třech lokalitách ze čtyř. Dále byly získány parciální sekvence ORF8 a plášťového proteinu vybraných izolátů LChV-1. Fylogenetickou analýzou nebyla potvrzena geografická ani hostitelská specifita LChV-1 izolátů.

Abstract:

This bachelor thesis is about a characterization of Little cherry virus 1 (LChV-1) and its importance in the cultural and wild pathosystem of apricots (Prunus armeniaca L.). In the theoretical part, there are presented the characterization and importance of apricot, basic information about the family Closteroviridae and its genera. Subsequently, there are described the characterization of Little cherry virus 1 and the diseases wchich its occurrence is associated with. In terms of characterization of LChV-1 is described its biology, host range, geographical distribution, way of transmission to hosts, detection methods, genome organization and genetic variability. LChV-1 was originally found only on sweet cherrie (Prunus avium (L.) L.) and sour cherries (Prunus cerasus L.), then it was subsequently reported in a latent form on other representatives of the genus Prunus. Representatives of the genus Prunus are one of the most important and popular cultural stone fruit, therefore it is very important to expand the knowledge of LChV-1. The experimental part is focused on the study of the occurrence of Little cherry virus 1 (LChV-1) in a collection of 40 samples of apricot (Prunus armeniaca L.) from 4 different locations from South Moravia using a two pairs of primers. The virus was detected with a frequency of the occurrence 37,5 % at three locations out of four. Subsequently , it was obtained partial sequences of the open reading frame 8 (ORF8) and the coat protein selected isolates of LChV-1. The phylogenetic analysis did not prove any geographical or host specificity of LChV-1 isolates.

Keywords

Little cherry virus 1, Little cherry disease, Prunus armeniaca L., četnost výskytu, genetická variabilita

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology