Možnosti využití celogenomového sekvenování v epidemiologii multirezistentních bakterií

Bc. Jana Hansliková

Bachelor's thesis

Whole genome sequencing in multi-resistant bacteria epidemiology

Abstract:

Celogenomové sekvenování (WGS, z ang. whole genome sequencing) je alternativní přístup pro kmenovou charakterizaci patogenů. Pomocí WGS dat lze stanovit kompletní sekvenci genomové DNA. Lze tak detekovat i nově vzniklé geny rezistence a virulence. To vede k lepšímu pochopení rezistence mikroorganismů na antibiotika a infekčních onemocnění která způsobují. Tato práce se zabývá popisem dostupných platforem Nové generace sekvenování (NGS, z angl. next generation sequencing), možnostmi analýzy dat generovaných těmito platformami a jejich využití v klinické mikrobiologii.

Abstract:

Whole genome sequencing (WGS) is an alternative approach to strain characterization of pathogens. The complete genomic DNA sequence can be determined using WGS data. Thus, newly emerging resistance and virulence genes can be detected. It leads to a better understanding of the antibiotic resistance of microorganisms and the infection diseases caused by pathogens. This work concerns with the description of available NGS platforms, the possibilities of the data analysis generated by these platforms and their use in clinical microbiology.

Keywords

WGS, NGS, bioinformatické nástroje, ISZP, klinická mikrobiologie, epidemiologie

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 8. 6. 2020

Thesis defence

• Date of defence: 2. 7. 2020
• Supervisor: Mgr. Matěj Bezdíček
• Reader: Ing. Markéta Nykrýnová

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Special Biology