Metody genetického monitoringu šelem v Holarktidě

Matyáš Smutný

Bakalářská práce

Methods of Carnivores genetic monitoring in Holarctis

Anotace:

Genetický monitoring se začíná široce využívat při monitoringu šelem a také v Evropě se využívá při monitoringu různých druhů. V této práci jsem se pokusil přiblížit co je to genetický monitoring, jaké je jeho využití v praxi a fungování společně s konvenčními metodami monitoringu. Dále se v práci věnuji invazivním i neinvazivním způsobům sběru vzorků a známým i méně známým metodám monitoringu všeobecně u malých šelem a konkrétně u velkých šelem. V praktické části jsem izoloval DNA z 33 vzorků trusu a 8 vzorků tkáně. 30 vzorků krve použitých v této práci bylo izolováno ve výzkumu From Wolves to Dogs, and Back: Genetic Composition of the Czechoslovakian Wolfdog od Smetanová et al. (2015). Trus pocházel z Beskyd a Kokořínska, tkáně pocházely z legálních odstřelů na Slovensku, a z usmrcených jedinců z Valašského Meziříčí a Kokořínska. Krve pocházely ze psů. Po izolaci jsem měřil koncentraci DNA na spektrofotometru NanoDrop 2000 a následně jsem za použití statistického programu Statistica 12 porovnal jejich kvalitu. Nejvyšší průměrnou koncentraci DNA měla krev a nejnižší tkáň. Tato práce diskutuje, který genetický materiál je z hlediska výtěžnosti pro genetický monitoring nejvhodnější a také limity jednotlivých metod.

Abstract:

Genetic monitoring begins to be widely used for monitoring carnivores, in Europe this method is also used for monitoring of other species. In this work I focused on exact definition of genetic monitoring, what is the practical use of this method and function together with other methods of monitoring. In my work I further examined invasive and non-invasive methods of gathering samples and well-known but also less known methods of monitoring of small carnivores in general and large carnivores namely. For practical part I extracted DNA from thirty three samples of faeces and eight samples of tissue. Thirty blood samples used in this work were extracted in the research From Wolves to Dogs and Back: Genetic Composition of the Czechoslovakian Wolfdog by Smetanová et al. (2015). Scats came from Beskydy and Kokořínsko, tissues were from legal blast in Slovakia and specimen killed in Valašské Meziříčí and Kokořínsko, and blood came from dogs. After extraction I measured the concentration of DNA by spectrophotometer NanoDrop 2000 and using statistical program Statistica 12 I compared their quality. The blood had the highest average concentration od DNA, the lowest in contrast had tissue. In this work I discuss which genetic material is most suitable, in terms of yield of genetic monitoring, and additionally the limits of each method.

Klíčová slova

Carnivora, extrakce DNA, genetický monitoring, neinvazivní metody

Keywords

Carnivores, extraction DNA, genetic monitoring, non-invasive methods

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 4. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Barbora Černá Bolfíková, Ph.D.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta tropického zemědělství

Bakalářský studijní program / obor:
Zemědělská specializace / Zemědělství tropů a subtropů