Molekulární fylogeneze a genetická diverzita zástupců Ruschia Schwantes

Bc. Julie Sobotková

Diplomová práce

Molecular phylogeny and genetic diversity of Ruschia Schwantes

Anotace:

Práce se zabývá fylogenetickou analýzou rodu Ruschia, patřícího do čeledi kosmatcovité (Aizoaceae). Jedná se o obecně rozšířenou čeleď, jejíž zástupci se vyskytují především v jižní Africe. Do práce bylo zahrnuto 42 zástupců rodu Ruschia, 2 zástupci z rodu Drosanthemum a 4 vzorky tvořily druhy z rodu Lampranthus. Rody Drosanthemum a Lampranthus jsou využity jako nečleny (outgroups). Pomocí metody DNA barcoding jsou v této práci studovány vybrané nekódující chloroplastové oblasti trnS-trnG, psbJ-petA, atpB-rbcL, trnD-trnT, rps16, rpl16 a jedna kódující oblast matK. Je zjišťována genetická variabilita těchto oblastí a vhodnost pro fylogenetickou studii. Pro zpracování bioinformatických dat je využit software Geneious Prime a MEGA X. Práce dále zahrnuje konstrukci fylogenetických stromů na základě získaných sekvencí jednotlivých oblastí a jeden souhrnný dendrogram. Je získáno grafické znázornění evolučního vývoje rostlinných druhů zahrnutých do této analýzy a možné srovnání s konsenzuálním fylogenetickým stromem. Ze získaných hodnot o sekvencích je zjištěno, které studované chloroplastové oblasti se vyznačují vysokou variabilitou.

Abstract:

The work deals with phylogenetic analysis of the genus Ruschia, belonging to the family Aizoaceae. It is widely widespread family, whose representatives occur mainly in South Africa. The work included 42 representatives of the genus Ruschia, 2 representatives from the genus Drosanthemum and 4 samples were species from the genus Lampranthus. The genera Drosanthemum and Lampranthus are used as outgroups. Selected non-coding chloroplast regions trnS-trnG, psbJ-petA, atpB-rbcL, trnD-trnT, rps16, rpl16 and one coding region of matK are studied using DNA barcoding. The genetic variability of these areas and their suitability for phylogenetic study are determined. Geneious Prime and MEGA X software are used to process bioinformatics data. The work also includes the construction of phylogenetic tree based on the obtained sequences of individual regions and one summary dendrogram. A graphical representation of the evolutionary development of the plant species included in this analysis and a possible comparison with the consensus phylogenetic tree is obtained. From the obtained values about the sequences it is found out which studied chloroplast regions are characterized by high variability.

Klíčová slova

fylogenetika, Ruschia, DNA barcoding, chloroplastové oblasti

Keywords

Ruschia, chloroplast regions, DNA barcoding, phylogenetics

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 4. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Pavel Hanáček, Ph.D.

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fytotechnika / Biotechnologie rostlin