Možnosti studia proteinové konformace v živé buňce

Bc. Kristína Gömöryová

Bachelor's thesis

Analysis of protein conformation in the living cell

Abstract:

The study of protein conformation is essential for our understanding of the molecular processes in the living cell. Methods as X-ray crystallography or nuclear magnetic resonance can provide information about 3D structure of protein; however, they do not allow us studying proteins in their native environment. This bachelor thesis describes the factors influencing protein conformation and summarizes the methods which are used for the study of protein conformation in the living cell and therefore provides information about the behavior of protein under physiological conditions. I will discuss the following methods: Förster resonance energy transfer, deuterium hydrogen exchange, chemical cross-linking, proximity-dependent biotinylation identification, split-ubiquitin system and peptide arrays.

Abstract:

Štúdium konformácie proteínov je nevyhnutnou podmienkou pre pochopenie molekulárnych procesov prebiehajúcich v bunke. Metódy ako röntgenová kryštalografia alebo nukleárna magnetická rezonancia umožňujú získanie informácie o 3D štruktúre proteínu, avšak neumožňujú štúdium proteínov v ich natívnom prostredí. Bakalárska práca popisuje faktory, ktoré vplývajú na udržanie konformácie proteínu, a zhŕňa metódy, ktoré sa využívajú pre štúdium konformácie v živej bunke a poskytujú tak obraz o chovaní proteínu vo fyziologických podmienkach. Medzi tieto metódy patrí Försterov rezonančný prenos energie, deutérium-vodíková výmena, chemický cross-linking spojený s hmotnostnou spektrometriou, biotinylácia závislá na blízkosti, split-ubiquitinový systém či peptidové arrays.

Kľúčové slová

proteínová konformácia, posttranslačné modifikácie, vnútorne neusporiadané proteíny, FRET, DHX, XL-MS, BioID, split-ubiquitinový systém, protein conformation, posttranslational modifications, intrinsically disordered proteins, split-ubiquitin system

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 6. 2016
• Vedúci: doc. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics