Příprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4

Zuzana KOUKALOVÁ

Bakalářská práce

Preparation of coarse-grained model of cytochrome P450 3A4

Anotace:

V této práci byly připraveny zhrubené modely systému cytochromu P450 3A4 na různých membránách složených z lipidů DOPC, DOPE a DOPG. Prostřednictvím molekulárně dynamických simulací za použití silového pole Martini byly nejdříve analyzovány strukturní parametry samotných membrán např. plocha, kterou zaujímá jeden lipid, tloušťka membrány či stupeň uspořádanosti lipidů. Poté bylo studováno chování na membráně kotveného cytochromu P450 3A4. Výsledky zhrubených simulací byly následně porovnány s atomistickými simulacemi a experimentálně dostupnými daty. Shoda zhrubených modelů s atomistickými simulacemi a experimenty potvrzuje vhodnost použití těchto modelů ke studiu biologických systémů.

Abstract:

In this study we prepared coarse-grain models of membrane-bound cytochrome P450 3A4 on membrane of different lipid composition, such as DOPC, DOPE and DOPG. Using molecular dynamics techniques and Martini lipid force field we analyzed structural parameters of membranes such as area per lipid, bilayer thickness and order parameters. Then, behaviour of membrane attached cytochrome P450 was studied. Results obtained from coarse-grain simulations were compared to all-atom models and experimental data. The correlation between coarse-grain models, atomistic simulations and experiments proved that this approach is valid tool to study biological systems.

Klíčová slova

Cytochrom P450, molekulová dynamika, zhrubený model

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 8. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Martin Šrejber

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Chemie / Aplikovaná chemie