Web atlas of intron-tagged proteins

Bc. Pavel Růžička

Bakalářská práce

Anotace:

Lokalizace proteinů má v buněčné biologii zásadní význam pro pochopení funkce a chování proteinů po perturbaci buňky. Ve Výzkumném centru pro molekulární medicínu Rakouské akademie věd (CeMM) byla vyvinuta nová metoda pro hromadné tagování proteinů pomocí fluorescence za účelem vyhodnocení lokalizace. Tato práce zaměřuje na návrh a vytvoření webového atlasu těchto tzv. intron-tagged proteinů, který by koncovým uživatelům umožnil vyhledávat libovolné proteiny a porovnávat související mikroskopická data. Bakalářská práce obsahuje kapitoly o návrhových rozhodnutích, zpracování mikroskopických dat, popisu cloudové infrastruktury a vlastní implementaci celého webového atlasu.

Abstract:

Protein localization is fundamental in cell biology as a means of understanding protein function and behavior following perturbation. A new method for pooled protein tagging with fluorescence to evaluate localization has been developed at CeMM, the Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences. In cooperation, this thesis focuses on designing and building a web atlas of intron-tagged proteins to enable end users to browse for their protein of interest and compare relevant imagery. It contains chapters on design decisions, microscopy data pipeline, description of cloud infrastructure, and the actual implementation of all atlas components.

Keywords

cell biology, protein localization, proteins, web application, atlas, Azure, TypeScript, React

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 12. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2023
• Vedoucí: prof. RNDr. Tomáš Pitner, Ph.D.
• Oponent: Dr. Stefan Kubicek

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Programování a vývoj aplikací / Programování a vývoj aplikací