Klasifikace proteinových sekvencí extrémofilních organismů

Jiří KRÁL

Bakalářská práce

Classification of protein sequences of extremophilic organisms

Anotace:

Tato bakalářská práce se zabývá vytvořením klasifikátoru proteinových sekvencí extrémofilních organismů. Pro řešenou úlohu byl využit inovativní jazykový model typu Transformer, jehož architektura byla převzata z projektu ESM-2 výzkumé společnosti Meta AI. Otestovány byly dvě metody fine tuningu předtrénovaného modelu, jejichž výsledky byly porovnány s dalšími odbornými pracemi na stejné téma.

Abstract:

This bachelor thesis focuses on the creation of a classifier for protein sequences of extremophilic organisms. An innovative Transformer-type language model was used for this task, with its architecture based on the ESM2 project by Meta AI. Two methods of fine-tuning the pre-trained model were tested, and their results were compared with other research studies on the same topic.

Klíčová slova

Neuronová síť, architektura Transformer, Enkodér, ESM-2 model, klasifikace, aminokyselina, proteinová sekvence, extrémofilní organismus, fine tuning

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 8. 2024

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Lukáš Kuhajda

ZÁPADOČESKÁ UNIVERZITA V PLZNI

Fakulta aplikovaných věd

Bakalářský studijní program / obor:
Kybernetika a řídicí technika / Umělá inteligence a automatizace