Studium konformačního chování restrikční endonukleasy HINC II metodami molekulové dynamiky

Bc. Jiří Fukal

Master's thesis

Molecular dynamics study of conformational behaviour of restriction endonuclease HINC II

Anotácia:

Studium konformačního chování restrikční endonukleasy HincII metodami molekulové dynamiky umožní poznat, jak interakce restrikčních endonukleas s DNA probíhají. Molekulová dynamika umožňuje popsat děje, které probíhají v kratších časech, než dokáže experiment popsat. Molekulová dynamika sice nedokáže simulovat vznik a zánik vazby, umožní však posoudit stabilitu či flexibilitu aktivních míst a význam reačních partnerů v systému (tj. komplex endonukleasa-DNA, ionty a solvent). Pomocí molekulové dynamiky bylo prokázáno, že nejpreferovanější počet Mg iontů jsou 2 v aktivním místě. Vyšší počet iontů vnáší do systému nestabilitu způsobenou vyšší koncentrací kladných nábojů v oblasti.

Abstract:

Molecular dynamics study of conformational behaviour of restriction endonuclease can describe the interactions of restriction endonucleases with DNA. Molecular dynamics can describe changes in shorter time than the experiment. Although molecular dynamics is not able to describe reaction itself, it is able to study stability and flexibility of the active site and the role of reaction partners in the system (complex with ions and solvent). Molecular dynamics shows that the most favourable number of Mg ions is 2. More ions higher instability in system caused by higher concentration of positive charge in one site.

Kľúčové slová

molekulová dynamika, restrikční endonukleasa, HincII, post-reakční komplex, konformační chování, molecular dynamics, restriction endonuclease, post-reaction complex, conformational behaviour

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 5. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 22. 6. 2007
• Vedúci: Mgr. Eva Fadrná, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry