Charakterizace kvasinkových jaderných RNA-vazebných proteinů v úpravách a degradaci RNA.

Bc. Eva Tikalová

Master's thesis

Characterization of yeast nuclear RNA-binding proteins involved in RNA processing and degradation

Abstract:

Nekódující RNA prochází řadou posttranskripčních úprav. Jedním z klíčových faktorů je proteinový komplex exosom. Exosom se skládá z devíti podjednotek, které tvoří katalyticky neaktivní strukturu podobnou barelu. S exosomem interagují dva proteiny - exoribonukleáza Rrp6p a endo- a exo- ribonukleáza Rrp44p. Tyto dva proteiny se vážou na exosom nezávisle na sobě. Hlavním aktivátorem exosomu v jádře je komplex TRAMP. Tento komplex se skládá z nekanonické poly(A) polymerázy Trf4p/Trf5p, RNA vazebného proteinu typu zinkových prstů Air1p/Air2p a RNA helikázy Mtr4p. Mtr4p hraje rozhodující roli jako aktivátor RNA exosomu. Nedávné studie odhalily, že Mtr4p ve své struktuře obsahuje doménu podobnou „ramenu“. Tato doména je potřebná pro degradaci a procesování RNA, ale ne pro helikázovou aktivitu Mtr4p. Stále není zcela jasné, jak je funkce této domény spojená s funkcemi Rrp6p nebo s exonukleázovou aktivitou Rrp44p. V této práci studujeme genetickou interakci mezi doménou podobnou „ramenu“ a exonukleázovými aktivitami Rrp6p a Rrp44p.

Abstract:

Noncoding RNA undergoes a series of post-transcriptional modifications. One of the key factors in this process is protein complex called exosome. It contains nine subunits that form a catalytically inactive barrel-like structure. Two proteins exoribonuclease Rrp6p and endo- and exo- ribonuclease Rrp44p are able to interact with the exosome for its activation. These two proteins can bind the exosome independently of each other. TRAMP complex is the major exosome co-factor in the nucleus. This complex consists of the non-canonical poly(A) polymerases Trf4p/Trf5p, the zinc-knuckle RNA-binding proteins Air1p/Air2p and the RNA helicase Mtr4p. Mtr4p performs a crucial role in RNA processing and degradation as an activator of RNA exosome. Recent studies revealed that Mtr4p contains an arch-like domain. This domain is required for the RNA degradation and processing, but not for the helicase activity. It is not cleared, how the function of arch-domain is linked to the exosome function. In this study, we tested a genetic interaction between the arch domain of Mtr4p and exonuclease activity of Rrp6p or Rrp44p.

Keywords

Arch doména, Mtr4p, Rrp6p, Rrp44p, procesování ribozomálních RNA, Arch domain, processing of ribosomal RNAs

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 25. 6. 2015
• Supervisor: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry