Quality Control of Histopathology Whole Slide Images: Detection of Tissue Folding and Tearing

Bc. Erik Sedlák

Bakalářská práce

Anotace:

Rastúce využitie algoritmov umelej inteligencie v medicíne si vyžaduje kvalitné datasety na trénovanie týchto algoritmov. Neustále narastajúca veľkosť týchto datasetov spôsobuje, že manuálna kontrola kvality je v súčastnosti nepraktická, najmä ak by ju mali vykonávať už preťažení zdravotnícki profesionáli. Táto práca predstavuje proces na zrýchlenie spracovávania mikroskopických snímkov (WSI) a implementuje dva detekčné algoritmy na nežiadúce artefakty: záhyby tkaniva a trhliny tkaniva. Algoritmus na detekciu záhybov tkaniva dosiahol uspokojivú presnosť s potenciálom na zlepšenie citlivosti. Algoritmus na detekciu trhlín tkaniva bol poskytnutý ako základ pre budúcu prácu, keďže detekcia tohto artefaktu zatiaľ nie je dostatočne preskúmaná v súčasnej literatúre.

Abstract:

In medical fields, the increasing reliance on artificial intelligence algorithms puts pressure on high-quality datasets on which the algorithms are trained. The ever-increasing size of these datasets makes manual quality control inefficient, especially when it would need to be done by already overburdened medical professionals. This thesis presents a pipeline to speed up the processing of microscopic whole-slide images and implements two detection algorithms for undesirable artifacts: tissue folds and tissue tears. The tissue fold detection algorithm achieved satisfying precision with the potential to improve sensitivity. The tissue tear detection algorithm was provided as a baseline for future work, as the detection of this artifact is unexplored in the current literature.

Keywords

quality control, WSI, tissue folding, tissue tearing, artifact detection, digital pathology, image processing

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 12. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 2. 2025
• Vedoucí: Mgr. Karel Štěpka, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Lucia Hradecká

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Informatika