Analýza alternativního sestřihu genu STAT3

Bc. Michal Kramárek

Master's thesis

Analysis of alternative splicing of STAT3 gene

Abstract:

Alternative splicing of pre-mRNA allows formation of several mRNAs from a single transcript. This also expands variability of a human proteome. Importance of alternative splicing in human is supported by the fact that 95% - 100% of all genes produce at least two mRNAs. In this thesis I deal with alternative splicing of tandem 5‘splice site in exon 21 of STAT3 gene. This thesis uses in silico predictions and mutations of this tandem 5‘splice site to analyze the mechanism of its recognition. Minigene analysis provided strong evidence to support shifted binding of U1 snRNP and indicated the presence of a regulatory element in the first 17 nucleotides of the intron 21 which possibly regulates the use of each 5’splice site. The results further suggested that complementarity of U6 snRNA to the 5’splice site can have an effect on the use of each 5’splice site. Definitive confirmation of these results will bring new information about the basic mechanisms of 5’ splice site recognition

Abstract:

Alternativní sestřih pre-mRNA umožňuje tvorbu vícero mRNA z jediného transkriptu, čímž rozšiřuje variabilitu lidského proteómu. Důležitost alternativního sestřihu u člověka je podpořená faktem, že 95% až 100% všech genů vytváří alespoň dvě různé mRNA. V této práci se zabývám alternativním sestřihem tandemového 5‘ místa sestřihu v exonu 21 genu STAT3. V práci byly využity in silico predikce a mutace tohoto tandemového 5‘ místa sestřihu za účelem analýzy mechanismu jeho rozeznání. Minigenová analýza sestřihu poskytla silné důkazy podporující posunutou vazbu U1 snRNP a přítomnost možného regulačního elementu v prvních 17 nukleotidech intronu 21, který reguluje využití jednotlivých 5‘ míst sestřihu. Výsledky dále naznačují možný vliv komplementarity U6 snRNA na využití jednotlivých 5‘ míst sestřihu. Definitivní potvrzení těchto výsledků přinese nové poznatky o základních mechanismech rozeznání 5‘ míst sestřihu.

Keywords

alternativní sestřih pre-mRNA, tandemové 5’ místo sestřihu, STAT3, posunutá vazba U1 snRNA, U6 snRNA, alternative splicing of pre-mRNA, tandem 5’ splice site, shifted pairing of U1 snRNA

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 6. 6. 2016
• Supervisor: Mgr. Přemysl Souček, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics