Detekce nových zástupců čeledi Hepadnaviridae v transkriptomických a metatranskriptomických datech

Martin Jabůrek

Bakalářská práce

Detection of new Hepadnaviridae family representatives in transcriptomic and metatranscriptomic data

Anotace:

Hepadnaviridae je rozsáhlá čeleď DNA virů, která se skládá z pěti rodů infikujících zástupce savců, plazů, ryb, ptáků a v neposlední řadě i člověka. Ve své bakalářské práci jsem stručně a výstižně shrnul dostupné poznatky o této čeledi. Od shrnutí samotné historie objevení čeledi Hepadnaviridae, životního cyklu jednotlivých rodů, taxonomických rozdílů v rámci samotné čeledi a možných budoucích hrozeb způsobených mutacemi, a to nejen pro člověka, ale především pro zvířata. Kromě toho jsem se zaměřil také na možnou detekci nových zástupců v rámci databáze transkriptomických dat "Transcriptomic shotgun assembly" (TSA) GenBank. Pomocí nástroje tBlastn a HBV polymerázy jsem vyhledal v datech a následně zpracoval nejpravděpodobnější a nejvíce validní zástupce napříč celým taxidem Animalia. Devět nejuspokojivějších výsledků bylo popsáno a klasifikováno jako HEARTH retroelement, nackednavirus či jako zcela nový zástupce čeledi Hepadnaviridae, případně různé kmeny již existujících zástupců známých virů. Ve své práci jsem ovšem nalezl také tři nové a dosud nepopsané viry, z nichž dva pocházejí ze zástupců Paprskoploutvých ryb a zbylý jeden ze zástupce Paryb. Závěr mé práce uvádí další potenciální kroky k budoucímu možnému zařazení výsledků a jejich případný dopad na působišti vědeckého pole.

Abstract:

Hepadnaviridae is a vast family of DNA viruses consisting of five genera infecting representatives of mammals, reptiles, fish, birds and finally humans. In my bachelor thesis I have briefly but effectively summarized pieces of knowledge available about this family. Following the history of discovering the Hepadnaviridae, life cycle of different genera, taxonomic differences within the family itself and possible future threats caused by the various mutations not just for humans but more importantly for the animals. In addition, I also focused on the detection of a new representatives within the transcriptomic data “Transcriptomic shotgun assembly” (TSA) of the GenBank database. By using the tBlastn tool and HBV polymerase I have sequenced and found the most probable and valid representatives across the whole Animalia taxid. Nine of the most satisfactory results were described and classified as a HEARTH retro-element, nackednavirus, whole new Hepadnaviridae representatives or different strains of already existing ones. In my search I also found three new and undescribed viruses from which two are from the representatives of Actinopterygii fishes and one of Chondrichthyes. The conclusion of my work states the proper steps to acknowledging the results and incorporating them into the field of scientific field.

Klíčová slova

BLAST, Detekce nových virů, Hepadnaviridae

Keywords

Detection of new viruses, BLAST, Hepadnaviridae

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 4. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 31. 5. 2024
• Vedoucí: RNDr. Jiří Černý, Ph.D.
• Oponent: Karolína Štaflová, externi

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta tropického zemědělství

Bakalářský studijní program:
Tropické zemědělství