Mutageneze v molekulách proteinů

Bc. Štěpán Sovík

Diplomová práce

Protein mutagenesis

Anotace:

Tato práce se zabývá procesem mutageneze a jeho vlivem na strukturu proteinů. První část se věnuje vnitřní struktuře proteinů a způsobu, jak dochází k mutaci v přírodě a jak pomocí softwaru. Práce také popisuje optimalizační metodu z oblasti návrhu proteinů pro řešení komplexních mutací - dead-end eliminaci. Druhá část se věnuje návrhu, implementaci a integraci vlastního řešení podporujícího mutace do aplikace CAVER Analyst.

Abstract:

This thesis deals with a process called mutagenesis and the way how it affects protein structure. First part of thesis is dedicated to describing primary and secondary structure of protein, comparing real world mutation to mutation done with computer application and describing dead-end elimination algorithm - optimization method for protein design. Second part of thesis deals with designing, implementing and integration of author's solution for mutagenesis into CAVER Analyst.

Klíčová slova

mutageneze, mutace, protein, rotamer, Dunbrack, dead-end eliminace, DEE, Desmet, Georgiev, tunel, CAVER Analyst, Java

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2014
• Vedoucí: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Informatika / Počítačová grafika