Structure-dynamics-function relationships of haloalkane dehalogenases

Mgr. Martin Klvaňa, Ph.D.

Doctoral thesis

Anotácia:

Pomocí molekulového dokování, molekulově-dynamických simulací, vizualizace struktury a dynamiky proteinu, a ve světle dostupných experimentálních dat byly v halogenalkandehalogenáze DhaA z Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 navrženy mutace pro zvýšení katalytické účinnosti přeměny jedovaté a nepoddajné xenobiotické sloučeniny, 1,2,3-trichlorpropanu, a vztahy mezi strukturou, dynamikou a funkcí tohoto enzymu byly detailně prozkoumány.

Abstract:

Using molecular docking calculations, molecular dynamics simulations and visualisation of protein structure and dynamics, and in the light of available experimental data, mutations were designed in haloalkane dehalogenase DhaA from Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 for enhancing the catalytic performance with toxic and recalcitrant xenobiotic compound, 1,2,3-trichloropropane, and structure-dynamics-function relationships of this enzyme were investigated in detail.

Keywords

Protein, enzym/enzyme, halogenalkandehalogenáza/haloalkane dehalogenase, vnořené aktivní místo/buried active site, tunel/tunnel, uvolnění produktu/product release, výměna vody/water exchange, molekulově–dynamická simulace/molecular dynamics simulation, návrh mutantů/design of mutants, CAVER

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 12. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 1. 2010
• Vedúci: doc. RNDr. Miroslav Němec, CSc.
• Oponent: prof. RNDr. Luděk Bláha, Ph.D., Assoc. Prof. Jan Florian, dr. Jiří Vondrášek

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / odbor:
Biology (4-years) / Microbiology