Studium hormonálních regulací u rostlin pomocí kvantifikace interakce mezi proteiny dvoukomponentního signálního systému

RNDr. Ladislav Dokládal, Ph.D.

Bachelor's thesis

Hormonal regulation study in plants using quantification of interaction between two-component system proteins.

Abstract:

Nejběžnějším mechanismem vnitrobuněčného přenosu signálu je fosforylace proteinů. Dvoukomponentní systémy přenosu signálu (TCS), které nalézáme u řady prokaryot i několika skupin eukaryotických organismů (některých hub a vyšších rostlin), využívají His-Asp fosforylace. Práce se zabývá možnostmi studia hormonálních regulací u rostlin prostřednictvím kvantifikace interakce mezi proteiny TCS. Po úvodu do TCS u rostlin jsou popsány možnosti detekce protein-protein interakcí metodami in vitro (gelová elektroforesa a vrstevní značení, in vitro vazebné testy, koimunoprecipitace, využití chemického zesíťování), teoretické aspekty kvantifikace protein-protein interakcí a metody aplikovatelné pro tento účel (GPC, SPR, CE).

Abstract:

The most common way of intracellular signal transduction is protein phosphorylation. Two-component systems of signal transduction (TCS), that we can find in many prokaryotes and in several groups of eukaryotic organisms (some fungi and higher plants), exploit His-Asp phosphorylation. The thesis deals with the possibilities of plants hormonal regulations study by quantification of interactions between TCS proteins. After an introduction into TCS in plants, the possibilities of protein-protein interactions detection using in vitro methods (gel electrophoresis and overlay assay, in vitro binding, coimmunoprecipitation, use of chemical cross-linking), theoretical aspects of protein-protein interactions quantification and methods applicable for this purpose (GPC, SPR, CE) are described.

Keywords

dvoukomponentní systém, cytokininová signalizace, protein-protein interakce, fosfohistidin, fosfoaspartát, gelová elektroforesa, vrstevní značení, in vitro vazebný test, koimunoprecipitace, chemické zesíťování, disociační konstanta, gelová permeační chromatografie, rezonance povrchových plasmonů, kapilární elektroforesa, two-component system, cytokinin signalling, protein-protein interactions, phosphohistidine, phosphoaspartate, gel electrophoresis, overlay assay, in vitro binding, coimmunoprecipitation, chemical cross-linking, dissociation constant, gel permeation chromatography, surface plasmon resonance, capillary electrophoresis

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2008

Thesis defence

• Date of defence: 16. 6. 2008
• Supervisor: RNDr. Lubomír Janda, Ph.D.
• Reader: doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry