Druhová identifikace klinicky výzmaných hub pomocí molekulárně-biologických metod

Bc. Radka Tihelková

Master's thesis

Molecular-based identification of clinically important fungi

Anotácia:

Mikroskopické houby jsou běžnými kolonizátory kůže a gastrointestinálního traktu zdravé populace. U imunitně oslabených jedinců jsou častou příčinou morbidity a mortality. Nedostatečná citlivost a časová náročnost současných kultivačních a histologických metod vedou k rozvoji molekulárně-biologických technik, s jejichž pomocí je možné analyzovat klinické vzorky rychleji a s vyšší citlivostí. V práci byla optimalizována a testována metoda panfungální PCR s následnou analýzou amplifikovaných fragmentů oblasti ITS2 pomocí kapilární elektroforézy. Analýzou 37 sbírkových kmenů mikroskopických hub byla vytvořena interní banka referenčních délek fragmentů ITS2, která byla využita jako základ pro identifikaci neznámých druhů hub ze 124 klinických vzorků. Použitou metodou bylo možné vzájemně odlišit klinicky významné druhy mikroskopických hub z komplexních klinických vzorků moči a sonikátů stentů a katétrů.

Abstract:

Microscopic fungi are common colonizers of the skin and gastrointestinal tract of healthy people but on the other hand they may cause mortality and morbidity in immunocompromised hosts. The lack of sensitivity and the specificity of current cultivation and histological techniques has led to expansion of molecular methods, which are able to detect pathogenic microorganisms fast and in low concentrations. The aim of this study was to design and optimize PCR method for detection and identification of fungal species. Panfungal PCR targeting the ITS2 region located between structural RNA genes with subsequent analyses of fluorescently labelled amplicons by capillary electrophoresis was developed using 37 reference fungal strains. This approach has been shown as a useful tool in distinguishing fungal species when applied on 124 polyfungal clinical specimens of urine and ureteral stents or catheters.

Kľúčové slová

močový katétr, ureterální stent, fungální infekce, UTI, CAUTI, panfungální PCR, kapilární elektroforéza, oblast ITS2, urinary catheter, ureteral stent, fungal infections, panfungal PCR, capillary electrophoresis, ITS2 region

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 1. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 2. 2015
• Vedúci: doc. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Experimental Biology / Special Biology