Využití hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF pro identifikaci kvasinek skupiny Candida parapsilosis

Bc. Katarína Mlynáriková

Diplomová práce

Use of MALDI-TOF mass spectrometry for identification of the Candida parapsilosis group

Abstract:

MALDI-TOF Mass Spectrometry is a relatively fast, cheap method with good reproducibility. Therefore, it can be found in numerous clinical laboratories. To its advantages also belongs an ability to distinguish between very similar species like Candida albicans and Candida dubliniensis. Our study focuses on the identification of 30 yeast strains belonging to Candida parapsilosis group: Candida parapsilosis sensu stricto (12), Candida orthopsilosis (8), Candida metapsilosis (10). An important virulence factor of these yeasts associated with a development of catheter infections is a biofilm formation. Yeasts belonging to C. parapsilosis group cannot be recognized by common biochemical methods. However, this study shows that MALDI-TOF MS is able to successfully distinguish among these three species. This study also examines a possibility to use MALDI-TOF MS to differ between Candida parapsilosis sensu stricto biofilm-positive and biofilm-negative strains. Our results reveal that the use of MALDI-TOF MS in this area is limited. Similar results were obtained also after the use of different matrices for MALDI-TOF analysis (HCCA, FerA, CMBT), the use of various cultivation media and cultivation under different conditions.

Abstract:

Hmotnostná spektrometria MALDI-TOF je pomerne rýchla, dobre reprodukovateľná metóda a náklady na jej prevádzanie sú relatívne nízke. Preto sa v súčasnosti stále rozširuje do viacerých klinických laboratórií. Jej výhodou je tiež to, že dokáže vzájomne rozlišovať aj veľmi podobné druhy mikroorganizmov ako napríklad Candida albicans a Candida dubliniensis. V našej práci sme sa zamerali na identifikáciu 30 kmeňov kvasiniek skupiny Candida parapsilosis: Candida parapsilosis sensu stricto (12), Candida orthopsilosis (8), Candida metapsilosis (10). Dôležitým virulenčným faktorom týchto kvasiniek, ktorý je spojený s rozvojom závážných katétrových a implantátových infekcií, je schopnosť tvoriť biofilm. Kvasinky skupiny C. parapsilosis sú bežnými biochemickými metódami takmer nerozlíšiteľné. V tejto práci sa nám podarilo metódou MALDI-TOF MS spoľahlivo odlíšiť tieto druhy. Ďalej sme sledovali možnosť využitia metódy MALDI-TOF na rozlíšenie biofilmpozitívnych a biofilmnegatívnych kmeňov druhu Candida parapsilosis sensu stricto. Ukazálo sa ale, že využitie MALDI-TOF analýzy v tejto oblasti je značne obmedzené a to aj pri použití rôznych kultivačných médií, pri zmene kultivačných podmienok či pri použití rôznych matríc pre MALDI-TOF analýzu (HCCA, FerA, CMBT).

Klíčová slova

Candida parapsilosis sensu stricto, biofilm, MALDI-TOF MS, Candida orthopsilosis, Candida metapsilosis

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2014
• Vedoucí: doc. MUDr. Filip Růžička, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie