Optimalizace metod pro identifikaci proteinů asociovaných s rostlinnými telomerami

Bc. Kateřina Jůzová

Master's thesis

Optimization of methods for characterization of proteins associated with plant telomeres

Anotácia:

V této diplomové práci jsou shrnuty poznatky týkající se telomer a proteinů s nimi asociovaných a jsou popsány možnosti studia telomerových proteinů. V praktické části jsme se zabývali optimalizací metody GENECAPP (Global ExoNuclease-based Enrichment of Chromatin-Associated Proteins for Proteomics), která měla vést k identifikaci telomerových proteinů v modelové rostlině Nicotiana tabacum. Jsou prezentovány výsledky optimalizace jednotlivých kroků této metody. Paralelní metodou, která je zvažována pro identifikaci rostlinných telomerových proteinů, je využití TALE (Transcription Activator-Like Effector). Pomocí tohoto systému bychom měli být schopni sledovat dynamiku telomer in vivo. Je popsána konstrukce telomerových sond TALE a ověření úspěšnosti klonování těchto konstruktů. V diskusi jsou rozebírányny možné příčiny dosavadních neúspěšných pokusů a vytyčeny další cesty, které by mohly vést k úspěšné identifikaci proteinů vázajících se na rostlinné telomery nebo s nimi asociovaných.

Abstract:

In this work findings related to telomeres and telomeric proteins and methods used for identification of telomeric proteins are summarized. In the practical part we tried to optimize the GENECAPP approach for identification of telomeric proteins in the model plant Nicotiana tabacum. The results of optimization steps of this method are presented. Utilization of TALE is a parallel approach considered for identification of plant telomeric proteins. Using this method we should be able to visualize the dynamic of telomeres in vivo. Construction of TALE telomeric probes and verification of the cloning are described. Reasons due to which negative results were obtained are discussed together with future steps, which could lead for successfull identification of plant telomeric proteins.

Kľúčové slová

Telomery, telomerové proteiny, struktura telomer, shelterin, chromatin, telomere, telomeric proteins, structure of telomeres

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 4. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2015
• Vedúci: doc. Mgr. Miloslava Fojtová, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Genomics and Proteomics