Karboxypeptidáza B1 a jeji úloha v nádorové biologii

Bc. Petra Kovaříková

Master's thesis

Carboxypeptidase B1 and its role in tumor biology

Abstract:

Karboxypeptidasa B1 je vysoce tkáňově specifický protein pankreatu, jehož zvýšené hladiny byly pozorovány jak na proteinové, tak na transkriptomové úrovni u nádorů prsu. Na základě proteomicko-transkriptomické studie provedené na klinicko-patologicky reprezentativní skupině pacientů byla CPB1 označena jako potenciálně vhodný biomarker grade 1 nádorů prsu s vysokým rizikem vzniku metastáz v mízních uzlinách. Cílem této práce je proto lepší funkční charakterizace tohoto proteinu, objasnění jejího vlivu v migraci a invazivitě nádorových buněk a pokus o přípravu stabilně transfekované buněčné linie. K ověření specifity CPB1 pro grade 1 nádory luminálního typu A bylo využito analýz online dostupných dat v databázi Oncomine a Kaplan-Maierových křivek odhadu přežití. K prokázání trendu, že CPB1 zvyšuje migraci a invazivitu nádorových buněk, bylo použito metod Transwell a xCELLigence sytému. Byly provedeny také pilotní proteomické experimenty hodnotící vliv CPB1 na změny celkového proteomu a identifikující potenciální interakční partnery tohoto proteinu. Provedený výzkum je přínosem k lepší funkční charakterizaci proteinu CPB1 a je dobrým podkladem pro její pokračování a optimalizaci použitých metod pro tento účel.

Abstract:

Carboxypeptidase B1 is a highly tissue specific pancreatic protein, whose elevated levels were observed on both protein and transcriptomic level in breast cancer. Based on proteomics-transcriptomics studies made on clinico-pathological representative group of patients CPB1 was identified as putative biomarker of grade 1 breast tumors with high risk of metastases in the lymph nodes. Therefore, the aim of this thesis is to improve the functional characterization of this protein, clarifying its impact on migration and invasiveness of tumor cells and attempt to prepare stably transfected cell line. To verify the specificity of CPB1 for grade 1 breast tumors, luminal type A, the analysis of online available data in the Oncomine database and Kaplan-Maier estimate survival curves were used. To prove a trend that CPB1 increases migration and invasiveness of tumor cells Transwell and xCELLigence system methods were used. Pilot proteomic experiments evaluating the effect of CPB1 on changes of total proteome and identifying potential interaction partners of this protein were also carried out. Performed research is a contribution to a better functional protein characterization of CPB1 and is a good basis for the continuation and optimization of methods used for this purpose.

Keywords

karboxypeptidasa B1, nádory prsu, metastazování, NF-κB, migrace, invaze, Transwell, xCELLigence, pull-down assay, proteom MCF7, stabilně transfekovaná buněčná linie, carboxypeptidase B1, breast cancer, metastasis, migration, invasion, proteome of MCF7, stable transfected cell line

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 2. 6. 2015
• Supervisor: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Analytical Biochemistry