Engine pro vizualizaci molekul ve webovém prohlížeči

Bc. Jaromír Svoboda

Master's thesis

Engine for Molecule Visualization in a Web Browser

Anotácia:

Cílem diplomové práce je návrh a implementace JavaScriptové knihovny (nazvané LiveMol) určené pro vizualizaci proteinů i molekul obecně. K efektivnímu zobrazování v prohlížečích knihovna využívá WebGL API. Vzhledem k potenciální velikosti molekul je důležitým aspektem návrhu i implementace výkon knihovny. Navíc ji lze rozšiřovat jak pomocí témat určujících barevné schéma zobrazené molekuly tak přidáním zcela nového vizualizačního módu.

Abstract:

The main focus of this master's thesis is the design and implementation of lightweight molecular visualization engine (called LiveMol) in form of a JavaScript library. The engine utilizes widely adopted WebGL API to display GPU-accelerated graphics in web browsers. Due to the size of complex protein molecules, the primary goal is high performance. Furthermore, the design of LiveMol enables users to extend the core functionality by simply defining custom coloring schemes of molecule models or implement completely new visualization modes.

Keywords

molecular visualization, protein, secondary structure, WebGL, LiveMol, vizualizace molekul, sekundární struktura

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2014
• Vedúci: RNDr. David Sehnal, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Martin Prokop, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics