Analýza tunelů a pórů v proteinech

Bc. Eliška Špačková

Bakalářská práce

Analysis of channels and pores in proteins

Anotace:

Cílem mé bakalářské práce bylo nastudovat tématiku detekce volných prostor v proteinech s důrazem na detekci tunelů, jakožto trajektorií přístupových cest ligandů do nitra proteinu. Následně pak v rámci literární rešerše najít již publikované a anotované tunely a srovnat je s výsledky poskytnutými nástrojem MOLE 2.0 vyvíjeným v Národním centru pro výzkum biomolekul (NCBR). V publikační rešerši jsem nalezla přes 50 publikací, ve kterých autoři použili software pro detekci tunelů. V těchto datech bylo popsáno zhruba 30 různých proteinů, protkaných sítí různých tunelů v závislosti na substrátové nebo produktové specificitě. Veškerá takto získaná data byla přepočítaná pomocí MOLE 2.0 a anotované výsledky byly uloženy v databázi. Data získaná touto literární rešerší byla použita k validování nástroje MOLE 2.0.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was to study a topic of detection of empty voids in proteins with the strong emphasis to channel detection. Subsequently, I have compared channels annotated in the literature with the results of the calculations done by the MOLE 2.0 software, which is presently developed in the National Centre for Biomolecular Research (NCBR). In the literature study part I have discovered more than 50 papers, where authors were using software tools for channel detection. In this data set approximately 30 different proteins were described with particular channels so as their physico-chemical properties. All the data gathered in this study were processed by the MOLE 2.0 software and annotated results were stored in a database. The results were used for verification and validation of MOLE 2.0 capabilities.

Klíčová slova

Tunel, Pór, Kanál, Protein, Tunnel, Pore, Channel, MOLE 2.0

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2013
• Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D., RNDr. Lukáš Pravda

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika