Využití metod amplifikace DNA při identifikaci baktérií rodu Lactobacillus

Bc. Kristýna Turková

Master's thesis

Identification of bacteria of genus Lactobacillus using DNA amplification methods

Anotácia:

Významnou součástí běžné gastrointestinální mikroflóry a fermentovaných mléčných výrobků jsou bakterie rodu Lactobacillus. Identifikace těchto mikroorganizmů pomocí biochemických testů není spolehlivá. V dnešní době se k rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Lactobacillus využívají DNA amplifikační metody. Cílem práce bylo identifikovat 50 kmenů rodu Lactobacillus izolovaných ze stolice plně kojených dětí. Všechny kmeny byly kultivovány v MRS médiu s 0,05 % cysteinem při 37 °C. Bakteriální DNA byla izolována metodou fenolové extrakce. Identifikace kmenů byla provedena pomocí rodově specifické PCR, druhově specifických PCR, rep-PCR s primerem (GTG)5 a RAPD s primerem M13. Do rodu Lactobacillus bylo pomocí rodově specifické PCR zařazeno 49 kmenů. Do druhů bylo pomocí druhově specifických PCR zařazeno 42 kmenů. Druhová identifikace kmenů byla ověřena pomocí rep-PCR a RAPD. Fingerprintové profily jednotlivých kmenů byly porovnány s využitím UPGMA analýzy a Pearsonova korelačního koeficientu v programu BioNumerics (Applied Maths, Kortrijk, Belgie).Kmeny s podobnými fingerprintovými profily vytvořily společné skupiny.

Abstract:

Bacteria of the Lactobacillus genus are important part of the normal gastrointestinal microflora and many fermented dairy products. Identification of these microorganisms using biochemical tests is not reliable. Nowadays, DNA amplification methods are used for rapid and reliable identification of the bacteria of the Lactobacillus genus. The aim of this work was to identify 50 strains isolated from faeces of breast-fed infants. All strains were grown in MRS medium containing 0,05 % cystein at 37 °C. DNA of strains was isolated by method of phenol extraction. Identification of the strains was performed using genus-specific PCR, species-specific PCR, rep-PCR with primer (GTG)5 and RAPD with primer M13. 49 of the tested strains were identified using genus-specific PCR as the Lactobacillus genus. 42 strains were further identified using species-specific PCRs as Lactobacillus species. Species identification of Lactobacillus strains was verified using rep-PCR and RAPD. Fingerprint profiles of all strains were compared using UPGMA analysis and Pearson’s correlation coefficient in the BioNumerics software (Applied Maths, Kortrijk, Belgium). Strains with similar fingerprint patterns are clustered together.

Kľúčové slová

Lactobacillus, PCR, rep-PCR, GTG5, RAPD, M13, identifikace, identification

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 6. 2009
• Vedúci: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / General Biology