Metody pro identifikaci biologicky relevantních tunelů v proteinech – Bc. Ondřej Vávra
Bc. Ondřej Vávra
Master's thesis
Metody pro identifikaci biologicky relevantních tunelů v proteinech
Methods for identification of biologically relevant tunnels in proteins
Abstract:
Tunely, přístupové cesty pro ligandy, významně ovlivňují funkci, stabilitu a substrátovou specificitu enzymů. Studium tunelů pomocí experimentálních metod je problematické, využívají se tedy výpočetní metody pro analýzu přístupových cest na krystalových strukturách či trajektoriích ze simulací molekulové dynamiky. V minulosti bylo kladeno velké úsilí na vyvinutí metod, které by byly schopné zachytit …moreAbstract:
Tunnels, ligand access pathways, play an important role in the function, stability or substrate specificity of enzymes. Experimental methods for tunnels analysis are very demanding, therefore computational tools are applied for analysis of protein tunnels on crystal structures or snapshots from molecular dynamics simulations. In the past, great efforts have been made to develop methods for exploration …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 5. 2017
Identifier:
https://is.muni.cz/th/yfevi/
Thesis defence
- Date of defence: 9. 6. 2017
- Supervisor: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceMaster programme / field:
Biochemistry / Genomics and Proteomics
Theses on a related topic
-
Anotace a vizualizace sekundární struktury proteinů
Adam Midlik -
Anotace elementů sekundární struktury proteinů
Adam Midlik -
Computational Framework for Protein-Protein Docking Prediction and Experimental Design
Jiří MORAVEC -
Evaluation Framework for Comparative Analysis of Protein Structure Embedding Methods in the AlphaFold Database
Lucie Novotná -
Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování
Ondřej Vávra -
Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování
Ondřej Vávra