Detekce, genotypizace a fylogenetická analýza vybraných zástupců rodu Mamastrovirus

Bc. Ivana Ščigalková

Master's thesis

Detection, genotyping and phylogenetic analysis of representatives of the genus Mamastrovirus

Anotácia:

Astovriry jsou malé neobalené viry s genomem tvořeným pozitivní jednovláknovou RNA. Do čeledi Astroviridae jsou řazeny dva rody – rod Mamastrovirus a rod Avastrovirus. Jejich zástupci infikují savce, u kterých mohou způsobovat průjmy, a ptáky, kde mimo průjmů způsobují i závažná mimostřevní onemocnění. Infekce astrovirem prasat (PAstV) probíhá u zdravých dospělých jedinců bezpříznakově, u selat však může způsobit průjem. Dosud bylo popsáno pět geneticky odlišných skupin PAstV 1-5. Cílem této práce bylo provést studii mapující výskyt astrovirů mezi klinicky zdravými prasaty různého věku v chovech prasat v České republice. Pomocí metody nested RT–PCR bylo zjištěno, že se PAstV v českých chovech prasat běžně vyskytuje. Fylogenetická analýza části genů pro kapsidový protein a RNA polymerázu náhodně vybraných izolátů prokázala, že se detekované PAstV řadí převážně mezi sérotyp PAstV-1.

Abstract:

Astroviruses are small, non-enveloped, single-stranded positive sense RNA viruses. The family Astroviridae consists of two genera, Avastrovirus and Mamastrovirus. Astroviruses are associated with enteric disease symptoms such as diarrhoea in mammalian hosts and diarrhoea and extraintestinal illnesses such as nephritis and hepatitis in avian hosts. Porcine astrovirus (PAstV) can be found in fecal samples of apparently healthy adult pigs, but can cause a diarrhoea in piglets. Five distinct lineages of porcine astrovirus PAstV 1-5 have been described until now. The aim of this study was to investigate the presence of astroviruses in healthy pigs of different ages on pig farms in the Czech republic. Using nested RT–PCR we found out that astrovirues are prevalent among pigs on czech farms. Phylogenetic analysis based on a partial capsid protein and RNA polymerase gene sequences from randomly selected isolates clustered this isolates in one group together with PAstV-1.

Kľúčové slová

Astrovirus prasat, Epidemiologická studie, Prase domácí, Prase divoké, Fylogenetická analýza

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2012
• Vedúci: RNDr. Jana Prodělalová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / General Biology