Variabilita genu pro TLR4 u populací koroptve polní

Bc. Pavla Vlková

Master's thesis

Variability of gene for TLR4 in grey partridge populations

Abstract:

K rozpoznání patogenních struktur jsou imunitním systémem vytvořeny tzv. PRR receptory. Studium polymorfismu těchto PRRs stále roste. Nejvíce zkoumanými receptory jsou tzv. Toll-like receptory (TLRs), kde je vysoká mezidruhová variabilita. Ta je důležitá pro pochopení selektivních tlaků na TLRs. Většina prací se omezuje na lidské populace nebo na laboratorní zvířata a v posledních letech i na hospodářská zvířata. Skupina ptačích TLRs zahrnuje 10-12 genů. Tyto geny jsou však popsány především u modelových druhů ptáků a jejich variabilita v přirozených populacích není známa. V této studii jsem se zaměřila na mezi populační variabilitu genu pro TLR4 u koroptve polní (Perdix perdix) mezi evropskými populacemi. Se specifickými primery byl osekvenován vazebný úsek LPS genu TLR4 uvnitř exonu 3 cca 1000bp. Zároveň byl osekvenován kontrolním neutrálním genem (mtDNA) tzv. D-loop, jehož vazebný úsek činí cca 520 bp. U zanalyzovaných 74 jedinců z 6 evropských populací pro TLR4 bylo popsáno 16 nukleotidových haplotypů a 11 aminokyselinových haplotypů. Bylo zjištěno 5 synonymních substitucí a 8 nesynonymních substitucí. Nebyla zjištěna zřejmá populační struktura v TLR4.

Abstract:

The immunity system creates so called PRR receptors that recognize pathogen structures. The polymorphism studies of the PRRs are growing. The most studied receptors are Toll-like receptors that are characterized by a high intra-species variability. This intra-species variability is important for the understanding of selective pressures on TLR receptors. Most studies focus on human populations or laboratory animals and recently farmed animals. Group of avian TLRs includes 10-12 genes. However, those genes are described mainly in model bird species and their variability in wild populations is not known. This study focuses on inter-population variability of gene for TLR4 in Grey partridge (Perdix perdix) from various European populations. Specific primers were used for sequencing of LPS binding region gene TLR4 within exon 3; length of 1000bp. Further, the TLR4 was sequenced using the control neutral gene (mtDNA), so called D-loop, whose binding region length is approx. 520bp. We analysed TLR4 in 74 individuals from 6 European populations. We described 16 nucleotide haplotypes and 11 amino acid haplotypes. We also identified 5 synonymous substitutions and 8 nonsynonymous substitutions. Evident population structure of TLR4 was not found.

Keywords

koroptev polní, variabilita, populační genetika, Toll-like receptory, TLR4, Perdix perdix

Keywords

grey partridge, variability, toll-like receptors, population genetics, TLR4, Perdix perdix

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 4. 2015

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Jana Svobodová, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Environmental Science

Master programme / field:
Applied Ecology / Nature Conservation