Analysis of different methodologies to cure viruses hosted by the oomycete Phytophthora castaneae

Bc. Kateřina Kováčiková

Master's thesis

Analýza různých metod eliminace virů vyskytujících se na oomycetě Phytophthora castaneae

Abstract:

Mykoviry (houbové viry a viry oomycet) mohou být využity jako biologické kontrolní látky (BCA) proti stromovým a jiným rostlinným patogenům. Z toho důvodu je důležité porozumět vlivu přítomnosti a nepřítomnosti mykovirů na jejich hostitele. Tato diplomová práce byla zaměřena na analýzu různých metodologií, které by mohly být použity k léčbě virů, které se vyskytují na hostiteli Phytophthora castaneae. Byl studován vliv ošetření polyetylen glykolem a Ribavirinem na přítomnost virů v myceliu a také vliv různých teplot a polyetylen glykolu na růst mycelia fytoftory. Následná PCR analýza ukázala, že viry je velmi obtížné vyléčit, pravděpodobně kvůli jejich koevoluci s Phytophthora castaneae. Pro úplné vyléčení virů bude nutné zopakovat experiment s použitím vyšších koncentrací použitých chemikálií. Test rychlosti růstu mycelia ukázal, že optimální teplota pro růst mycelia je 22 ˚C.

Abstract:

Mycoviruses (Fungal and oomycete viruses) can be used as biological control agents (BCAs) against tree and plant pathogens. Therefore, it is important to understand the effect of mycoviruses presence and absence on their hosts. This thesis is focused on analysis of different methodologies that could be used to cure known viruses hosted by the oomycete Phytophthora castaneae. The effect of polyethylene glycol (PEG) and Ribavirin treatment on the presence of viruses in the mycelium was studied in vitro, as well as the effect of different temperatures and PEG on the mycelial growth of one Phytophthora isolate. Subsequent PCR analysis showed that the viruses are very challenging to cure, showing an apparent strong relationship with their host, probably due to a coevolution history with Phytophthora. The results show that to eliminate the viruses, the experiment will have to be developed further with higher concentrations of the chemicals used. The growth rate test showed that the optimal temperature for mycelial growth is 22 ˚C.

Keywords

léčba, eliminace viru, Phytophthora, Phytophthora castaneae, virus

Keywords

Phytophthora, Phytophthora castaneae, treatment, virus, virus elimination

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 30. 5. 2022
• Supervisor: Dr. Leticia Botella Sánchez
• Reader: Eliška Hakalová, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of Forestry and Wood Technology

Master programme / field:
Plant Protection / Plant Protection