Asociační analýza SNP u vybraných kandidátních genů ve vztahu k ukazatelům kvality vepřového masa

Bc. Jan Calta

Master's thesis

Association analysis of SNPs in selected candidate genes with meat quality traits in pigs

Anotácia:

Tato práce si kladla za cíl ověřit vliv vybraných SNP na užitkové vlastnosti prasat, ukazatele jatečné hodnoty a kvality vepřového masa. První část práce je věnována přehledu literatury, který shrnuje poznatky o produkčních ukazatelích v chovu prasat a zejména o kvalitativní stránce jatečné hodnoty. Následně je zmíněna úloha genetických markerů ve šlechtění prasat, a hlavně rešerše přibližuje kandidátní geny RYR1, MC4R, CAST, FTO a IGF2 a z nich vybrané SNP. Každý gen je charakterizován z hlediska biologie a z hlediska dosavadních poznatků z podobných studií.Druhá část práce obsahuje vlastní výzkum, jenž byl proveden na 71 hybridních jedincích [(Bu × L) × (Bo × Pn)]. Ze získaných vzorků byly zjištěny genotypy pro sedm SNP a následně provedena asociační analýza se zmíněnými ukazateli. Pro srovnání alelových a genotypových frekvencí byly do práce zahrnuty také tři čistokrevné populace (Bu, L, Pn) a divoká prasata.Analýza odhalila některé statisticky významné rozdíly (α = 0,05) mezi genotypy v různých ukazatelích, spousta výsledků však do kontextu dosavadních studií nezapadala. To byl zejména případ SNP c.746G>A v MC4R. Studovaný SNP v genu CAST, který se objevil pouze ve dvou genotypech, nepřinesl žádné signifikantní rozdíly. Rovněž u SNP v IGF2 byly detekovány pouze dva genotypy, ovšem v tomto případě byla zjištěna asociace s podílem IMF v kotletě a v pleci (GA > AA). Analýzy SNP g.400C>G a g.276T>G v genu FTO vykázaly velmi podobné výsledky. U zbylých SNP, tedy c.1843C>T v RYR1 c.707G>A v MC4R, asociační analýza nemohla být provedena.Stanovené hypotézy celkově spíše podpořeny nebyly. K lepším výsledkům by možná vedla větší populace s alespoň částečně řízenou tvorbou požadovaných genotypů.

Abstract:

The goal of this thesis was to verify the influence of selected SNPs on pig production traits and pork quality.The first part of the thesis covers research, which summarizes the knowledge about production traits in pig farming and especially about the qualitative aspect of carcass value. Subsequently, the role of genetic markers in pig breeding is mentioned, and mainly the research describes candidate genes RYR1, MC4R, CAST, FTO and IGF2 and SNPs chosen for this thesis. Each gene is characterized in terms of biology and in terms of knowledge from similar studies.The second part of the thesis contains statistical analysis that was performed on 71 crossbred pigs [(LWD × L) × (LWS × Pn)]. Genotypes for seven SNPs were determined from the obtained samples and association analysis with the mentioned traits was performed. To compare allele and genotype frequencies, three purebred populations (LW, L, Pn) and wild boar were also included in this thesis.The analysis revealed some statistically significant differences (α = 0.05) between genotypes and various traits, but many of the results were inconsistent with previous studies. This was especially the case for SNP c.746G> A in MC4R. The studied SNP in the CAST gene, which appeared only in two genotypes, did not show any significant differences. Two genotypes were detected also in SNP in the IGF2 gene, however in this case an association with IMF in loin and shoulder (GA > AA) was found. Analysis of SNPs g.400C> G and g.276T> G in the FTO gene showed very similar results. For the remaining SNPs, i.e. c.1843C> T in RYR1 c.707G> A in MC4R, the association analysis could not be performed.Overall, the established hypotheses were rather not supported. Larger population with at least partially controlled formation of the desired genotypes may lead to better results.

Kľúčové slová

prase, užitkové vlastnosti, kvalita masa, kandidátní gen, SNP

Keywords

pig, production traits, meat quality, candidate gene, SNP

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 7. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Kateřina Zadinová, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Master programme / odbor:
Biotechnology / Biotechnology and Animal Breeding