Nástroj pro editaci kinetických funkcí

Mgr. Andrej Hraško

Bachelor's thesis

Tool for maintanance of kinetic expressions

Abstract:

This thesis introduces the ways of representation and work with biological data using the SBML format. It further focuses on the java library JSBML used for manipulation with the SBML in aplications and MathML format for representation of mathematical expressions. Emphasis is placed on reprezentation and recording of the mathematical equations with these tools. In the practical part a simple editing tool is designed and implemented which is primary specified for the e-photosynthesis.org project. This editor allows to create the functions, to manage their parameters and vizualization of these in the MathML standard. Import and export of data in SBML format is also im-plemented to serve the e-photosynthesis as well as the other various projects.

Abstract:

Táto práca predstavuje spôsob reprezentácie biologických dát pomocou formátu SBML a práci s nimi. Ďalej sa zameriava na javovskú knižnicu JSBML, slúžiacu na manipuláciu s SBML v aplikáciách a formát MathML pre záznam matematických výrazov. Dôraz je kladený na reprezentáciu a záznam matematických funkcií pomo-cou týchto nástrojov. V praktickej časti je navrhnutý a implementovaný jednoduchý editor týchto funkcií určený primárne pre projekt e-photosynthesis.org. Editor umož-ňuje vytváranie funkcií, správu ich parametrov a ich zobrazenie v MathML štandarde. V aplikácii je rovnako implementovaný import a export dát z a do formátu SBML pre spoluprácu s e-photosynthesis a ale aj ďalšími projektami.

Kľúčové slová

E-photosynthesis, SBML, JSBML, MathML, Java, Swing

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2012
• Vedúci: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Matej Klement

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics