Analýza mikrosatelitových lokusů pro determinaci paternity u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber) a plameňáka růžového (P. roseus)

Aleš Drobek

Master's thesis

The analysis of microsatellite loci for determination of paternity in Caribbean flamingo (Phoenicopterus ruber) and greater flamingo (P. roseus)

Abstract:

Mikrosatelity jsou tandémové repetice s délkou motivu 1-6 párů bazí DNA. Mikrosatelity se vyskytují ve všech zatím zkoumaných eukaryotických organismech. Obecně vysoký polymorfizmus mikrosatelitů vedl k jejich velmi širokému využití jako genetických markery. Hlavním cílem této diplomové práce bylo nalézt nové polymorfní cross-species mikrosatelitové lokusy u druhů plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus) a plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber). Objevené mikrosatelity pak mají sloužit k určování paternity u chovných skupin těchto druhů a popřípadě i ke studiu populační dynamiky u volně žijících populací. K objevení těchto mikrosatelitů byla použita cross-species amplifikace primerů od příbuzných druhů z řádů Ciconiiformes, Pelecaniformes, Podicipediformes, Gaviiformes, Anseriformes, Charadriiformes a Sphenisciformes. Testováním celkového počtu 284 mikrosatelitů bylo nalezeno 29 polymorfních lokusů u plameňáka růžového a 33 lokusů u plameňáka karibského. Z těchto lokusů bylo vybráno 9 mikrosatelitů společných pro oba druhy plameňáků. Tyto selektované lokusy jsou svým vysokým polymorfizmem a statisticky žádným nebo nízkým výskytem nulových alel nejvhodnější pro paternitní studie

Abstract:

Microsatellites are tandemly repeated regions of DNA with motif length 1-6 base pair. Microsatellites occur in all studied eucaryotic organism. Generally high polymorphism of microsatellites led them to their broad application as a genetic markers. The main goal of this diploma thesis was to find a new polymorphic microsatellite loci in Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus) and Caribbean Flamingo (P. ruber). Discovered microsatellites should serve for paternity determination in breeding populations of these species or in studies of wildlife populations. Amplification of cross-species primers was used to discover polymorphic loci from related species (Ciconiiformes, Pelecaniformes, Podicipediformes, Gaviiformes, Anseriformes, Charadriiformes and Sphenisciformes). From overall number of 284 tested microsatellites were found 29 polymorphic loci in Greater Flamingo and 33 in Caribbean Flamingo. Nine microsetellites common for both species were selected. Due to high polymorphism and none or low statistical occurrence of null alleles are these selected loci perfect for paternity testing

Keywords

mikrosatelity, cross-species amplifikace, paternita, PCR, plameňák

Keywords

microsatellites, cross-species amplification, paternity, PCR, Flamingo

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 8. 6. 2010
• Supervisor: Petr Nádvorník
• Reader: Kamil Čihák

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Master programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie